HCC和肝细胞的RNA-seq分析

Name: HCC和肝细胞的RNA-seq分析
Creator: 千方医数集科研发现管道
License: licenseAgreement

该数据集包含原发性人肝细胞和诱导性肝细胞癌的RNA测序数据，数据模态为基因表达文本数据，主要用于分析肝细胞癌相关的基因表达差异、探索疾病机制以及识别潜在的生物标志物，适用于癌症研究和生物信息学分析。

干细胞与再生医学数据中心

2023-02-10 更新

肝细胞癌肝细胞HCChepatocytes人肝脏transcriptomic

基本信息

许可

licenseAgreement

创建/更新时间

2023-02-10

资源简介

HCC和肝细胞的RNA-seq分析

【数据集背景】

源站首次发布：2023-02-10。

【数据内容】

源站原始描述：mRNA from primary PHH or iHCC was prepared according to the TruSeqTM RNA Sample Preparation Guide, and sequencing was performed on BGISEQ-500 (BGI, Wuhan, China)

【主题与分类】

主题标签：肝细胞癌、肝细胞、HCC、hepatocytes、人、肝脏、hepatocytes、HCC、transcriptomic。

【获取与许可】

源站页面：http://data.iscr.ac.cn/Article?id=a3416b4e2b7f4f869edea05f6cb73cf6

使用许可：licenseAgreement。

原始链接

http://data.iscr.ac.cn/Article?id=a3416b4e2b7f4f869edea05f6cb73cf6

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数据集获取

源站：http://data.iscr.ac.cn/Article?id=a3416b4e2b7f4f869edea05f6cb73cf6

标准获取流程：

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进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

该数据集是一个基于RNA测序（RNA-seq）的数据集，主要包含原发性人肝细胞（PHH）和诱导性肝细胞癌（iHCC）的mRNA表达数据。数据通过TruSeqTM RNA样本制备指南进行准备，并在BGISEQ-500平台上进行测序。该数据集可用于研究肝细胞癌（HCC）相关的基因表达差异、分子机制以及潜在的生物标志物，适用于生物信息学、癌症研究和药物开发等领域。

数据加载示例（表格/文本类）

import pandas as pd, glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.csv"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tsv"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.xlsx"), recursive=True))
print("数据文件:", files)
df = pd.read_csv(files[0])
print(df.shape); print(df.columns.tolist()); print(df.head(3))