胃肠道间质瘤中长基因间非编码RNA失调的识别
该数据集包含15名胃肠道间质瘤（GIST）患者的配对肿瘤与正常组织的下一代测序数据，数据模态为基因表达谱（RNA测序），主要用于识别在GIST中失调的长基因间非编码RNA（lincRNAs），如MALAT1、H19和FENDRR，并探索其与致癌基因ETV1和miR-455-3p的关联，以支持癌症生物学和非编码RNA在GIST发病机制中的功能研究。
基本信息
资源简介
胃肠道间质瘤中长基因间非编码RNA失调的识别
【数据集背景】
本数据集源站标题为《Identification of long intergenic non-coding RNAs (lincRNAs) deregulated in gastrointestinal stromal tumors (GISTs)》。配套论文《Identification of long intergenic non-coding RNAs (lincRNAs) deregulated in gastrointestinal stromal tumors (GISTs)》发表于 PLOS ONE（2018），DOI：10.1371/journal.pone.0209342。源站首次发布：2018-12-17。
【数据内容】
源站原始描述：Long intergenic non-coding RNAs (lincRNAs) are >200 nucleotides long non-coding RNAs, which have been shown to be implicated in carcinogenic processes by interacting with cancer associated genes or other non-coding RNAs. However, their role in development of rare gastrointestinal stromal tumors (GISTs) is barely investigated. Therefore, the aim of this study was to define lincRNAs deregulated in GIST and find new GIST-lincRNA associations. Next-generation sequencing data of paired GIST and adjac…
【数据结构与技术规格】
文件数 5 个，合计 64.97 KB。pone.0209342.s001.xlsx：application/vnd.openxmlformats-officedocument.spreadsheetml.sheet，11.33 KB。pone.0209342.s002.xlsx：application/vnd.openxmlformats-officedocument.spreadsheetml.sheet，24.65 KB。pone.0209342.s003.xlsx：application/vnd.openxmlformats-officedocument.spreadsheetml.sheet，9.79 KB。数据集 DOI：10.1371/journal.pone.0209342。
【主题与分类】
源站学科分类：Molecular Biology、Biological Sciences not elsewhere classified、Information Systems not elsewhere classified、Cancer、Science Policy。主题标签：MALAT、stromal tumors、oncogene ETV 1、Long intergenic non-coding RNAs、GIST、FENDRR、web-based lincRNA analysis、non-coding RNAs、intergenic non-coding RNAs、H 19。
【适用方向】
源站学科分类标注为 Molecular Biology、Biological Sciences not elsewhere classified、Information Systems not elsewhere classified、Cancer、Science Policy。
【获取与许可】
源站页面：https://plos.figshare.com/articles/dataset/Identification_of_long_intergenic_non-coding_RNAs_lincRNAs_deregulated_in_gastrointestinal_stromal_tumors_GISTs_/7474403
使用许可：CC BY 4.0（https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/）。
规范引用：Gyvyte, Ugne; Kupcinskas, Juozas; Juzenas, Simonas; Inciuraite, Ruta; Poskiene, Lina; Salteniene, Violeta; et al. (2018). Identification of long intergenic non-coding RNAs (lincRNAs) deregulated in gastrointestinal stromal tumors (GISTs). PLOS ONE. Dataset
【使用注意】
· 源站最后修改于 2023-06-01，引用时请注意版本时效。
下载信息
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使用方式
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按页面 Download 按钮获取。
数据说明
该数据集是一个专注于胃肠道间质瘤（GIST）分子机制的生物医学数据集，旨在识别在GIST中失调的长基因间非编码RNA（lincRNAs）。数据集包含来自15名患者的配对GIST组织和邻近正常组织的下一代测序数据，通过基于网络的lincRNA分析，鉴定出三个显著失调的lincRNAs（MALAT1、H19和FENDRR），并在验证队列中确认了H19和FENDRR的上调。研究还揭示了H19与GIST相关致癌基因ETV1以及miR-455-3p之间的潜在关联。数据来源于患者样本测序，主要应用于癌症生物学、非编码RNA功能研究和GIST致癌机制探索，为未来功能研究提供了重要资源。
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