GIST肝转移表达谱数据集
包含GIST肝转移组织及对应非肿瘤组织的全基因组表达谱数据,用于转移机制研究。由Sun Yat-sen University Cancer Center提供,来自Gene Expression Omnibus,数据格式为表格,包含40条数据记录,适用于分类任务,专注于肿瘤领域的胃肠道间质瘤(GIST)研究。

基本信息
资源简介
GIST肝转移表达谱数据集
【数据集背景】
本数据集源站标题为《Expression Profiling Identifies Key Genes in GIST Patients with Liver Metastasis》。源站首次发布:Feb 22 202。
【数据内容】
源站原始描述:GIST (gastrointestinal stromal tumor) is the most prominent mesenchymal neoplasms of the gastrointestinal tract, and liver is the most common metastasis site for GIST. The molecular mechanism leading to liver metastasis of GIST is currently unclear. With the goal of revealing the underlying mechanism, we performed whole-genome gene expression profiling in 18 pairs of RNA samples comprised of liver metastasis tissues and corresponding non-tumor tissues
【数据结构与技术规格】
文件数 1 个。
【主题与分类】
主题标签:Expression profiling by array、GPL15207、9606。
【适用方向】
结构化表格数据可直接用于统计建模、特征工程与队列分析。
【获取与许可】
源站页面:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE225819
【使用注意】
· 源站最后修改于 Jul 03 202,引用时请注意版本时效。
下载信息
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数据集获取
源站:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE225819
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- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
包含GIST肝转移组织及对应非肿瘤组织的全基因组表达谱数据,用于转移机制研究。
数据加载示例(表格/文本类)
import pandas as pd, glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.csv"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tsv"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.xlsx"), recursive=True))
print("数据文件:", files)
df = pd.read_csv(files[0])
print(df.shape); print(df.columns.tolist()); print(df.head(3))
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