SDH缺陷型GIST表观基因组数据集
包含GIST患者样本、异种移植和细胞系的RNA-seq、甲基化、CTCF、Hi-C等数据。由The Hebrew University of Jerusalem提供，来自Gene Expression Omnibus，包含多种数据模态，包含100条数据记录，适用于分类任务，专注于肿瘤领域的胃肠道间质瘤（GIST）研究。
基本信息
资源简介
SDH缺陷型GIST表观基因组数据集
【数据集背景】
本数据集源站标题为《Altered chromosomal topology drives oncogenic programs in SDH-deficient GISTs》。源站首次发布：Nov 28 201。
【数据内容】
源站原始描述：Epigenetic aberrations are widespread in cancer, yet the underlying mechanisms and causality remain poorly understood. A subset of gastrointestinal stromal tumors (GISTs) lack canonical kinase mutations but instead have succinate dehydrogenase (SDH)-deficiency and global DNA hyper-methylation. Here we associate this hyper-methylation with changes in genome topology that activate oncogenic programs. To investigate epigenetic alterations systematically, we mapped DNA methylation, CTCF insulators,…
【数据结构与技术规格】
文件数 1 个。
【主题与分类】
主题标签：Genome binding/occupancy profiling by high throughput sequencing、GPL16791、9606。
【适用方向】
多模态数据适合跨模态对齐、融合建模与联合表征学习方向的研究。
【获取与许可】
源站页面：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE107447
【使用注意】
· 源站最后修改于 Dec 21 201，引用时请注意版本时效。
下载信息
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使用方式
数据集获取
源站：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE107447
标准获取流程：
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- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
包含GIST患者样本、异种移植和细胞系的RNA-seq、甲基化、CTCF、Hi-C等数据。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
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