RNA-Seq与融合分析汇总
该数据集为RNA-Seq统计与融合预测的汇总表,覆盖低级别浆液性、高级别浆液性、透明细胞癌、子宫内膜样瘤、黏液性瘤、卵黄囊瘤、颗粒细胞瘤、小细胞高钙血症、上皮样肉瘤及中级别肌纤维母细胞肉瘤等多类样本

基本信息
资源简介
RNA-Seq与融合分析汇总
Summary of RNA-Seq and fusion analysis.
该数据集为RNA-Seq统计与融合预测的汇总表,覆盖低级别浆液性、高级别浆液性、透明细胞癌、子宫内膜样瘤、黏液性瘤、卵黄囊瘤、颗粒细胞瘤、小细胞高钙血症、上皮样肉瘤及中级别肌纤维母细胞肉瘤等多类样本。文件为Table_1.xls,共1个文件,来源于figshare,配套论文为2011年发表于PLoS Computational Biology的deFuse算法研究。数据可用于查看各样本RNA-Seq统计及基因融合预测结果,支撑肿瘤融合基因发现相关分析(来源 figshare,CC BY 4.0 许可)。
【数据集背景】
配套论文《deFuse: An Algorithm for Gene Fusion Discovery in Tumor RNA-Seq Data》发表于 PLoS Computational Biology(2011),DOI:10.1371/journal.pcbi.1001138。源站首次发布:2011-05-19。
【数据内容】
源站描述(机器翻译,仅供参考):所有样本的RNA-Seq统计与融合预测汇总。LGS:低级别浆液性,HGS:高级别浆液性,CCC:透明细胞癌,EMD:子宫内膜样瘤,MUC:黏液性瘤,YKS:卵黄囊瘤,GRC:颗粒细胞瘤,SCH:小细胞高钙血症,EPS:上皮样肉瘤,IGMS:中级别肌纤维母细胞肉瘤。
【数据结构与技术规格】
文件数 1 个,合计 17.92 KB。数据集 DOI:10.1371/journal.pcbi.1001138.t001。
【主题与分类】
源站学科分类:Infectious Diseases、Cancer。主题标签:rna-seq、fusion。本站分类:肿瘤/上皮样肉瘤。
【适用方向】
源站学科分类标注为 Infectious Diseases、Cancer。
【获取与许可】
源站页面:https://plos.figshare.com/articles/dataset/_Summary_of_RNA_Seq_and_fusion_analysis_/443631
使用许可:CC BY 4.0(https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/)。
规范引用:McPherson, Andrew; Hormozdiari, Fereydoun; Zayed, Abdalnasser; Giuliany, Ryan; Ha, Gavin; G. F. Sun, Mark; et al. (2015). Summary of RNA-Seq and fusion analysis.. PLOS Computational Biology. Dataset
【使用注意】
· 源站最后修改于 2023-05-30,引用时请注意版本时效。
下载信息
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使用方式
数据集获取(Figshare)
- 源站标题:Summary of RNA-Seq and fusion analysis.
- DOI:10.1371/journal.pcbi.1001138.t001
- 发布日期:2011-05-19
- 文件数:1 个
- 文件总体积:17.92 KB
- 源站页面:https://plos.figshare.com/articles/dataset/_Summary_of_RNA_Seq_and_fusion_analysis_/443631
命令行下载
curl -L -o "Table_1.xls" "https://ndownloader.figshare.com/files/773274"
文件清单
Table_1.xls(17.92 KB)
文件总体积 17.92 KB(源站 API 实测)。
数据加载示例(图像类)
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
数据说明
Summary of RNA-Seq statistics and fusion predictions across all samples. LGS: Low Grade Serous, HGS: High Grade Serous, CCC: Clear cell carcinoma, EMD: Endometrioid tumor, MUC: Mucinous tumor, YKS: Yolk sac tumor, GRC: Granulosa cell tumor, SCH: Small cell hypercalemic, EPS: Epithelioid Sarcoma, IGMS: intermediate grade myofibroblastic sarcoma.
许可
CC BY 4.0
引用
学术使用请引用 DOI 10.1371/journal.pcbi.1001138.t001(source: https://plos.figshare.com/articles/dataset/_Summary_of_RNA_Seq_and_fusion_analysis_/443631)。
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