HCT116 KRAS G13D与KRAS WT细胞系CFIm25敲低RNA-seq
数据覆盖两种 KRAS 基因型与两种处理条件的组合，可用于比较不同 KRAS 状态及 CFIm25 敲低对转录表达的影响，支持差异表达分析与结肠癌相关转录调控研究（来源 ebi.ac.uk）
基本信息
资源简介
HCT116 KRAS G13D与KRAS WT细胞系CFIm25敲低RNA-seq
E-MTAB-9207 是一项针对人结肠癌细胞系的 RNA-seq 差异表达实验，研究对象为 HCT116 KRAS G13D 与 HCT116 KRAS WT 两种基因型细胞系，并在每种基因型下设置对照与 CFIm25 敲低两种处理条件。该数据集由 EBI（ebi.ac.uk）收录，在本站归入肿瘤 / 结肠癌分类，主题标签为 Differential。实验通过转录组测序比较不同 KRAS 状态及 CFIm25 敲低对基因表达的影响，可用于差异表达分析与结肠癌相关转录调控研究。
【数据集背景】
结直肠癌的发生发展与 KRAS 基因突变密切相关，KRAS G13D 是其中一种常见的突变形式。CFIm25 是参与 mRNA 前体 3' 端加工的重要因子，其表达变化可能影响转录本的加工与稳定性。该数据集以 HCT116 结肠癌细胞系为模型，构建了 KRAS G13D 与 KRAS WT 两种遗传背景，并分别施加对照或 CFIm25 敲低处理，从而形成 2×2 的实验设计，用于考察 KRAS 状态与 CFIm25 功能缺失对转录表达的单独及联合效应。这一设计使研究者能够在同一细胞背景下比较不同 KRAS 基因型之间的表达差异，以及 CFIm25 敲低在两种基因型中引发的表达变化。
【数据内容】
数据集的核心内容是 RNA-seq 产生的转录表达数据，覆盖两种 KRAS 基因型（G13D 与 WT）与两种处理条件（对照与 CFIm25 敲低）的组合。数据以差异表达实验的形式组织，主题标签为 Differential，表明其分析重点在于组间表达差异的比较。具体样本数量、测序深度、reads 长度、表达矩阵的基因数目等细节，源站未提供。
【采集与来源】
数据来源于 EBI（ebi.ac.uk），源站将其描述为 Expression Atlas 中的 Differential 实验，物种为 Homo sapiens。实验材料为 HCT116 细胞系，涉及 KRAS G13D 与 KRAS WT 两种版本，并分别进行对照处理或 CFIm25 敲低处理。样本制备、测序平台、建库方法、测序试剂等实验细节，源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于以下研究方向：比较 HCT116 细胞中 KRAS G13D 与 KRAS WT 之间的转录表达差异；评估 CFIm25 敲低对基因表达的影响；分析 KRAS 状态与 CFIm25 敲低之间的交互效应；开展结肠癌相关的差异表达分析与转录调控研究；为 mRNA 3' 端加工因子在肿瘤细胞转录组中的作用提供数据支持。由于数据主题标签为 Differential，其最直接的用途是差异表达分析，也可作为结肠癌转录组研究的参考数据集。
【使用方法】
使用时可依据 KRAS 基因型（G13D 与 WT）和处理条件（对照与 CFIm25 敲低）对样本进行分组，开展两组或多组间的差异表达比较。分析流程通常包括测序数据质控、比对或定量、表达矩阵构建以及差异表达统计检验。由于源站未提供具体的分析参数与推荐流程，使用者应根据数据实际格式自行确定预处理与统计方法。若需与其他结肠癌转录组数据联合分析，应注意批次效应与实验设计的可比性。
【质量与限制】
该数据集来自 EBI Expression Atlas，属于公开可获取的实验数据资源。然而，源站未提供样本量、重复数、测序质量指标、差异表达阈值等信息，因此无法对数据质量作出具体评价。数据仅涉及 HCT116 一种细胞系背景，结论外推到其他结肠癌细胞系或临床样本时需谨慎。此外，CFIm25 敲低的具体方式与效率、对照的类型等实验细节，源站未提供，可能影响对结果的解读。
【引用与许可】
该数据集的来源站为 ebi.ac.uk，具体引用方式与许可条款源站未提供。使用者在发表研究成果或进行二次分析时，应访问源站页面查阅相关的引用要求与数据使用政策。
下载信息
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需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ebi.ac.uk/gxa/experiments/E-MTAB-9207
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
Expression Atlas experiment (Differential). Species: Homo sapiens. RNA-seq of HCT116 KRAS G13D and HCT116 KRAS WT cell lines with control or CFIm25 knockdown
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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