HCT116、DLD1和COLO320DM亲本及ARID1A敲低/敲除细胞的mRNA-seq
数据可用于比较ARID1A功能缺失对结肠癌细胞转录组的影响，支持差异表达分析与相关调控机制研究（来源 ebi.ac.uk）
基本信息
资源简介
HCT116、DLD1和COLO320DM亲本及ARID1A敲低/敲除细胞的mRNA-seq
E-MTAB-7791 是一个面向结肠癌研究的转录组测序数据集，围绕 ARID1A 基因功能缺失对细胞转录组的影响展开。该数据集收录了三种人结肠癌细胞系——HCT116、DLD1 与 COLO320DM——在不同 ARID1A 状态下的 mRNA-seq 数据，涵盖亲本细胞、ARID1A 敲低细胞，以及在 DLD1 和 COLO320DM 中构建的 ARID1A 敲除细胞。数据集归属于肿瘤/结肠癌分类，来源于 ebi.ac.uk，属于 Expression Atlas 中的差异表达实验，主题标签为 Differential。整体而言，该数据集为在结肠癌背景下考察 ARID1A 功能缺失所引发的转录组变化提供了直接的测序材料，可用于差异表达分析及后续调控机制探索。
【数据集背景】
ARID1A 是染色质重塑复合物的重要组成部分，其功能缺失在多种肿瘤尤其是结肠癌中受到关注。该数据集正是围绕这一背景设计，通过在同一细胞系内比较亲本细胞与 ARID1A 敲低或敲除细胞的 mRNA 表达谱，形成以 ARID1A 状态为核心变量的差异表达实验体系。数据集在 Expression Atlas 中被标注为差异表达实验，物种为人（Homo sapiens），所属分类为肿瘤/结肠癌，说明其设计目的指向肿瘤细胞中基因功能扰动后的转录组响应研究。
【数据内容】
数据集包含三类人结肠癌细胞系的 mRNA-seq 数据：HCT116 的亲本细胞与 ARID1A 敲低细胞；DLD1 的亲本细胞、ARID1A 敲低细胞与 ARID1A 敲除细胞；COLO320DM 的亲本细胞、ARID1A 敲低细胞与 ARID1A 敲除细胞。由此形成的比较结构既包含敲低与亲本的对照，也在 DLD1 与 COLO320DM 中提供了敲除与亲本的对照，使 ARID1A 功能缺失可以在不同遗传背景和不同缺失程度上被考察。数据类型为 mRNA-seq，即转录组层面的表达测量数据。
【采集与来源】
该数据集来源于 ebi.ac.uk，属于 Expression Atlas 中的差异表达实验条目。源站描述明确了物种为人，并列出上述三种细胞系及各自的亲本、敲低与敲除状态组合。数据集英文名称本身即概括了这些细胞系与处理条件。除来源站与实验类型外，样本制备、测序平台、读长与测序深度等具体采集信息源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于比较 ARID1A 功能缺失对结肠癌细胞转录组的影响，支持差异表达分析以及相关调控机制研究。具体而言，可在 HCT116 中比较 ARID1A 敲低与亲本细胞的表达差异，在 DLD1 与 COLO320DM 中分别比较敲低、敲除与亲本细胞的表达差异，并可在细胞系之间对照观察不同遗传背景下响应的一致性。其差异表达实验属性也使其适合作为表达变化筛选与候选基因分析的起点。
【使用方法】
使用时可依据细胞系与 ARID1A 状态对样本进行分组，构建亲本与敲低、亲本与敲除之间的比较，开展差异表达分析；对于 DLD1 与 COLO320DM，还可结合敲低与敲除两组结果，考察不同缺失程度下表达变化的异同。分析结果可进一步用于筛选受 ARID1A 状态影响的基因集，并围绕差异基因开展功能层面的解读。具体的分析流程、标准化方法与阈值设定源站未提供。
【质量与限制】
该数据集为 mRNA-seq 差异表达实验，覆盖三种结肠癌细胞系及多种 ARID1A 状态组合，具备较好的组内对照设计。但样本重复数、测序质量指标、数据处理与归一化细节、差异表达统计结果等质量相关信息源站未提供。此外，数据仅涉及体外细胞系模型，相关结论向其他细胞背景或体内情境的外推需谨慎。使用前应结合源站提供的原始与处理后数据说明进行评估。
【引用与许可】
该数据集来自 ebi.ac.uk 的 Expression Atlas 条目，标识为 E-MTAB-7791。具体的引用文献、作者信息、许可条款与使用限制源站未提供，使用与再分发前应查阅源站相应条目以确认引用与授权要求。
下载信息
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暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
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提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
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使用方式
数据集获取
源站：https://ebi.ac.uk/gxa/experiments/E-MTAB-7791
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
Expression Atlas 实验（差异表达）。物种：Homo sapiens。HCT116 亲本细胞和 ARID1A 敲低细胞的 mRNA-seq，DLD1 亲本细胞、ARID1A 敲低细胞和 ARID1A 敲除细胞的 mRNA-seq，COLO320DM 亲本细胞、ARID1A 敲低细胞和 ARID1A 敲除细胞的 mRNA-seq
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
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