HCT116 RNF40敲低细胞TNF-alpha刺激后的mRNA-seq
可用于研究RNF40敲低对TNF-alpha刺激下转录组差异表达的影响，支持差异表达分析与相关调控机制探索（来源 ebi.ac.uk）
基本信息
资源简介
HCT116 RNF40敲低细胞TNF-alpha刺激后的mRNA-seq
E-MTAB-7197 是一项以人类结肠癌细胞系 HCT116 为对象、围绕 RNF40 敲低与 TNF-alpha 刺激两个实验因素展开的 mRNA-seq 转录组实验，属于 Expression Atlas 中的差异表达实验（Differential）。该数据集在分类上归入肿瘤 / 结肠癌方向，来源为 ebi.ac.uk。从整体定位看，它提供了在 TNF-alpha 刺激条件下比较 RNF40 敲低细胞转录组变化的高通量测序资源，可用于观察基因表达层面的差异响应，并为进一步探索相关调控机制提供数据基础。以下依据可获得的信息对该数据集作分段介绍。
【数据集背景】
该数据集的全称为“mRNA-seq of HCT116 RNF40 knockdown cells upon TNF-alpha stimulation”，即对 HCT116 细胞在 RNF40 敲低后、经 TNF-alpha 刺激处理的样本进行 mRNA 测序。实验物种为 Homo sapiens（人类）。从实验设计的关键词可以看出，研究关注两个变量：RNF40 基因的敲低状态，以及 TNF-alpha 的刺激处理。HCT116 是结肠癌细胞系，因此该实验处于肿瘤生物学与结肠癌研究的语境之中。源站将其标注为 Expression Atlas 的差异表达实验（Differential），说明其核心目的在于通过测序数据识别不同实验条件之间的基因表达差异，而非仅提供静态的表达谱目录。
【数据内容】
数据内容为 mRNA-seq 测序数据，来自 HCT116 RNF40 敲低细胞在 TNF-alpha 刺激下的样本。主题标签为“Differential”，表明该实验以差异表达分析为主要数据组织方式。关于样本数量、测序平台、读长、重复设置、具体处理时间与剂量、对照组的完整定义，以及所检测到的差异表达基因数目等细节，源站未提供。因此，本数据集可确认的内容类型是转录组测序表达数据及其差异表达实验属性，更细粒度的数据表结构需以源站记录为准。
【采集与来源】
该数据集来源于 ebi.ac.uk，属于 Expression Atlas 中的一项实验记录，实验编号为 E-MTAB-7197。源站描述明确了物种为 Homo sapiens，实验材料为 HCT116 细胞，处理条件包括 RNF40 敲低与 TNF-alpha 刺激，检测手段为 mRNA-seq。除上述来源与实验归属信息外，关于样本采集流程、文库构建方法、测序仪器型号与数据处理管线的具体信息，源站未提供。
【适用场景】
该数据集可用于研究 RNF40 敲低对 TNF-alpha 刺激下转录组差异表达的影响，支持差异表达分析与相关调控机制探索。具体而言，适合用于比较 RNF40 敲低与否在 TNF-alpha 刺激背景下的基因表达变化，筛选差异表达基因，并在此基础上提出关于 RNF40 在结肠癌细胞转录调控中作用的假设。由于实验涉及肿瘤细胞系与炎症因子刺激，也可作为结肠癌相关转录组研究中的参考数据之一。需要强调的是，这些用途均围绕差异表达分析展开，不涉及源站未描述的临床或药物响应结论。
【使用方法】
使用时应以 Expression Atlas 中该实验的记录为入口，获取 mRNA-seq 表达数据及差异表达结果。分析时可将 RNF40 敲低与对照条件、TNF-alpha 刺激与未刺激条件作为分组依据进行对比，关注差异表达基因列表及其表达变化方向。由于源站未提供样本重复数、归一化方法与统计阈值等细节，实际分析前应先核对源站记录中的实验设计与处理说明，避免对分组和比较方式作出未经确认的假设。
【质量与限制】
该数据集为 Expression Atlas 收录的差异表达实验，具备明确的实验编号与物种、细胞系、处理条件描述。但关于测序深度、重复数量、质控指标、批次效应处理以及差异表达统计显著性阈值等信息，源站未提供。此外，数据基于 HCT116 细胞系这一体外模型，其结果外推到其他细胞背景或临床样本时需谨慎。使用者在解释差异表达结果时，应结合源站记录确认实验设计与分析参数。
【引用与许可】
该数据集来自 ebi.ac.uk 的 Expression Atlas，实验编号为 E-MTAB-7197。关于具体的引用文献、作者信息与数据使用许可条款，源站未提供，使用前应查阅源站记录中的相应说明并遵循其要求。
下载信息
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暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
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使用方式
数据集获取
源站：https://ebi.ac.uk/gxa/experiments/E-MTAB-7197
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
Expression Atlas experiment (Differential). Species: Homo sapiens. mRNA-seq of HCT116 RNF40 knockdown cells upon TNF-alpha stimulation
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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