PXD000030：慢性髓性白血病KCL22细胞中膜联蛋白A1相互作用蛋白

数据集获取

源站：https://ebi.ac.uk/pride/archive/projects/PXD000030

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

在本研究中，我们采用功能蛋白质组学方法鉴定了费城染色体阳性 KCL22 细胞系中膜联蛋白 A1（Anxa1）的相互作用蛋白。我们重点关注 Anxa1，因为与伊马替尼耐药的 KCL22R 相比，它是伊马替尼敏感的 KCL22S 细胞中上调的主要蛋白之一。我们的蛋白质组学策略揭示了 21 个相互作用蛋白。生物信息学分析显示，其中大多数蛋白参与细胞死亡过程。在鉴定出的蛋白中，我们研究了 Anxa1 与两种磷酸酶 Shp1 和 Shp2 的相互作用，这两种磷酸酶最近被确定为慢性髓系白血病患者伊马替尼敏感性的生物标志物。我们的数据为寻找膜联蛋白介导的信号通路开辟了新视角，并可能有助于阐明与 Bcr-Abl 活性无关的伊马替尼耐药机制。在数据分析中，我们使用 MASCOT 软件（版本 2.4）的肽质量指纹图谱搜索程序（http://www.matrixscience.com），选择 NCBInr aug2010 数据库（11592891 条序列）（http://www.ncbi.nlm.nih.gov），并使用以下六个参数：用于水解的蛋白水解酶特异性（胰蛋白酶）；最多 1 个漏切位点；半胱氨酸为 S-氨甲酰甲基半胱氨酸；N 端和 C 端未修饰；甲硫氨酸未修饰和氧化；可能的 Gln 诱导的焦谷氨酸形成；前体肽最大质量容差为 400 ppm，碎片最大质量容差为 0.6 Da。使用基于概率的 Mowse 评分，离子评分为 10 × Log(p)，其中 p 是某一匹配为随机出现的概率。所有 MASCOT 评分等于或高于 41（p ≤ 0.05）的 MS/MS 谱图均具有良好的 S/N，因此数据解读无歧义。MASCOT 评分低于 41 的肽段 MS/MS 谱图均经人工检查，并且只有在存在至少四个连续 y 或 b 离子时才纳入统计。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。