宫颈液基涂片常规浅覆盖全基因组测序用于卵巢癌早期诊断

数据集获取

源站：https://clinicaltrials.gov/study/NCT07821879

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数据说明

条件：高级别浆液性卵巢癌、宫颈癌筛查、全基因组测序、基因组不稳定性。1. 队列构成：在图卢兹大学癌症研究所-Oncopole（IUCT-Oncopole）接受治疗的任何分期高级别浆液性卵巢癌（HGSOC）患者，且其治疗路径中计划进行初始外科手术（诊断性或肿瘤细胞减灭术）者，可纳入研究。对于这些患者，系统性地收集肿瘤和健康组织样本（作为卵巢癌诊疗路径的一部分），并进行液基宫颈涂片检查（用于筛查合并的宫颈癌）。液基细胞学技术已取代回顾性研究中使用的宫颈涂片，可减少不满意样本的数量，能够检测人乳头瘤病毒（HPV），并允许使用单一样本进行分子和细胞学检测。鉴于已排除患有其他生殖道癌症（特别是TP53突变的子宫内膜癌）的患者，该样本中发现的任何异常均可被视为卵巢来源的特异性异常。

样本将按常规流程转送至病理科。2. 样本分析 肿瘤及健康组织样本经福尔马林固定后，进行石蜡包埋。通过标准染色和免疫组化分析对肿瘤样本作出诊断。同时评估肿瘤物质的数量（细胞密度和肿瘤面积）。提取后，DNA在分子生物学平台上使用Thermo Fisher Scientific的检测试剂盒进行定量和表征。常规对肿瘤样本进行浅覆盖全基因组测序（sWGS），平台上的覆盖度为2X，以评估同源重组缺陷（HRD）状态，从而确定是否适合开具PARP酶抑制剂处方。作为研究的一部分，健康组织也采用相同的程序。液基宫颈样本按照常规方案处理，作为

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。