液体活检在HPV相关癌症治疗监测中的作用

数据集获取

源站：https://clinicaltrials.gov/study/NCT05774561

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

条件：宫颈癌、宫颈发育不良、口咽癌、人乳头瘤病毒感染。尽管目前与人乳头瘤病毒（HPV）感染相关的癌症几乎完全可以预防，但相当一部分捷克人口仍罹患这些疾病。最常见的HPV相关癌症是宫颈癌（CC）和口咽癌（OPC）。在这些癌症中，成功监测治疗效果和早期发现疾病复发是一个严重的问题。因此，有必要找到一种非侵入性方法，能够特异且及时地识别有复发风险的患者，从而使患者获得高质量且负担较轻的医疗服务。本研究聚焦的液体活检（LB）的应用看起来最具前景。本研究分为两个分支，每个分支均包括前瞻性和回顾性部分。前瞻性部分仅纳入新诊断的CC/HSIL（高级别宫颈上皮内病变）或OPC患者。相比之下，回顾性部分将纳入治疗后随访中的患者。

在两个研究组中，前瞻性部分的患者将在治疗前采集新鲜肿瘤组织样本，回顾性部分的患者将获取存档的福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）组织样本。关于液体活检，将进行治疗前后LB采样。随后，在前瞻性和回顾性部分中，将根据标准医疗实践在随访期间进行定期样本采集。将采集口咽癌（OPC）患者的口咽拭子、含漱液、呼出气冷凝液（EBC）和血液样本。宫颈癌（CC）/高级别鳞状上皮内病变（HSIL）患者将进行血液采集和阴道宫颈拭子自采样。除血液样本外，所有样本将检测最常见的高危和低危HPV基因型的存在。血液样本中将监测循环肿瘤（ct）HPV DNA。此外，将检查原发肿瘤的突变谱。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。