HECKTOR头颈肿瘤挑战数据

HECKTOR头颈肿瘤挑战数据是公开可访问数据集,包含头颈癌PET/CT、原发灶和转移淋巴结标注等多模态数据,围绕软腭癌相关临床表现、影像、信号或组学信息,适合用于图像分割、模型训练、外部验证和疾病机制探索。

MICCAI HECKTOR organizersMICCAI HECKTOR organizers
Grand Challenge
2022-01-01 更新
浏览 42
多模态图像分割Head and Neck CancerOropharyngeal CancerPET/CTFDG-PETCTSegmentationRecurrence-Free SurvivalRadiotherapyGTVpGTVn
HECKTOR 2022

基本信息

模态
多模态
数据量
883
任务类型
图像分割
创建/更新时间
2022-01-01

资源简介

HECKTOR头颈肿瘤挑战数据

【一句话概览】

MICCAI HECKTOR 2022 数据集纳入经组织学证实、接受放疗和/或化疗治疗计划的口咽头颈癌患者,影像来自头颈区域 FDG-PET 与低剂量非增强 CT,共 845 例,来自 9 个中心。训练集 524 例,任务 1 和任务 2 分别有 489 例,来自 7 个中心;测试集 356 例,来自 3 个中心,均为非公开新病例。训练与测试队列代表真实世界口咽癌初诊分期患者分布,训练集中约 21% 出现复发事件,中位无复发生存期 14 个月(来源 hecktor.grand-challenge.org)。

【数据集背景】

本数据集源站标题为《MICCAI HECKTOR 2022》。

【数据内容】

源站原始描述:Patients with histologically proven oropharyngeal H&N cancer who underwent radiotherapy and/or chemotherapy treatment planning were considered. The data originates from FDG-PET and low-dose non-contrast-enhanced CT images (acquired with combined PET/CT scanners) of the H&N region. Data were collected from 9 centers. The information on image data includes clinical center, scanner information, DICOM meta-data including acquisition parameters and reconstruction algorithms. The patient information i…

中文译文(机器翻译,仅供快速理解,请以原文为准):纳入考虑的是经组织学证实为口咽头颈癌并接受了放疗和/或化疗治疗计划的患者。数据来源于头颈区域的FDG-PET及低剂量非增强CT图像(由PET/CT联合扫描仪采集)。数据收集自9个中心。图像数据信息包括临床中心、扫描仪信息、DICOM元数据(含采集参数和重建算法)。患者信息包括中心、年龄、性别、体重、烟草和酒精消费情况、体能状态、HPV状态、治疗方式(仅放疗或附加化疗和/或手术)。未提供TNM分期,因其涉及的信息属于任务1目标的一部分。部分患者可能存在缺失值。训练和测试病例均代表一个3D FDG-PET体积与头颈区域一个3D CT体积配准后的数据。就任务1而言,提供了带有标注真实肿瘤的轮廓(仅向参赛团队提供训练病例)。标签有三个值:背景值为0,原发大体肿瘤体积(GTVp)值为1,淋巴结大体肿瘤体积(GTVn)值为2(若有多个淋巴结,均视为同一标签)。就任务2而言,提供了患者结局信息RFS(事件时间以天计及删失)(仅向参赛团队提供训练病例)。总病例数为845例。训练病例总数分别为524例(任务1)和489例(任务2)。训练数据来自7个不同中心。未提供特定验证病例,训练集可以任何方式拆分用于交叉验证。2021年挑战赛的测试病例已与训练病例合并。测试病例总数为356例,来自3个中心。所有测试病例均不公开,且为本年度挑战赛的新病例。中心MDA在训练集和测试集中均有代表。训练和测试队列能够代表真实世界中接受口咽癌初始分期的患者群体分布(训练集中复发事件约占21%,中位无复发生存期为14个月)。PET/CT图像的预处理(对训练和测试病例均适用)包括

【主题与分类】

主题标签:Head and Neck Cancer、Oropharyngeal Cancer、PET/CT、FDG-PET、CT、Segmentation、Recurrence-Free Survival、Radiotherapy、GTVp、GTVn。

【适用方向】

多模态数据适合跨模态对齐、融合建模与联合表征学习方向的研究。

【获取与许可】

源站页面:https://hecktor.grand-challenge.org/Data/

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使用方式

数据集获取

源站:https://hecktor.grand-challenge.org/Data/

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

HECKTOR头颈肿瘤挑战数据包含头颈癌PET/CT、原发灶和转移淋巴结标注等多模态数据,可用于软腭癌相关图像分割、诊断建模、分型或外部验证。

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。

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