ESM1敲低SiHa细胞的处理后RNA-seq数据集

资源简介

ESM1敲低SiHa细胞的处理后RNA-seq数据集

该数据集为一份处理后RNA-seq数据集，来源于内源性ESM1受到抑制的SiHa宫颈癌细胞，属于肿瘤/宫颈癌研究范畴。数据集收录了与转录组分析相关的多种处理后结果文件，包括标准化读取计数、完整的DESeq差异表达结果、经过过滤的差异表达基因列表、上调与下调基因列表、DESeq输出文件以及汇总统计。这些数据旨在支持与“ESM1介导的DNMT3A通过表观遗传调控ID3表达抑制宫颈癌转移”这一研究相关的转录组分析。数据集由Yu, Chen-Lin、Lin, Chia-Liang、Lee, Hsiang-Lin、Chiou, Hui-Ling、Chen, Pei-Ni、Yang, Shun-Fa、Hsieh, Yi-Hsien共同完成，存放于Zenodo，发布时间为2026年，采用Creative Commons Attribution 4.0 International许可协议。

【数据集背景】

该数据集面向肿瘤学中的宫颈癌研究方向，聚焦于SiHa宫颈癌细胞中内源性ESM1抑制后的转录组变化。其研究背景与“ESM1介导的DNMT3A通过表观遗传调控ID3表达抑制宫颈癌转移”这一课题直接相关。通过RNA-seq分析，该数据集为理解ESM1在宫颈癌细胞中的转录调控作用及其潜在分子机制提供了处理后数据支持。SiHa细胞是宫颈癌研究中常用的细胞模型，而ESM1的抑制可能影响下游基因表达网络，因此该数据集有助于从转录组层面探索相关通路与差异表达基因。

【数据内容】

数据集包含多种处理后RNA-seq分析结果文件。具体而言，所存放的文件包括：标准化读取计数、完整的DESeq差异表达结果、过滤后的差异表达基因列表、上调与下调基因列表、DESeq输出文件以及汇总统计。这些文件共同构成了从原始计数到差异表达分析的完整处理后数据链条，便于使用者直接获取基因表达水平比较、差异显著性判断以及上下调基因集合等信息。标准化读取计数可用于表达量比较与可视化；DESeq差异表达结果和输出文件提供了统计检验基础；过滤后的差异表达基因列表以及上调、下调基因列表则便于快速聚焦关键基因；汇总统计可用于整体数据特征概览。

【采集与来源】

该数据集来源于doi.org，存放机构为Zenodo。其源站描述指出，该数据集包含源自内源性ESM1抑制的SiHa宫颈癌细胞的处理后RNA-seq分析结果。数据集的作者包括Yu, Chen-Lin、Lin, Chia-Liang、Lee, Hsiang-Lin、Chiou, Hui-Ling、Chen, Pei-Ni、Yang, Shun-Fa、Hsieh, Yi-Hsien。发布时间为2026年。关于样本采集、测序平台、建库方法、实验重复数、细胞培养条件等具体实验细节，源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于宫颈癌转录组分析相关的研究场景，尤其是围绕ESM1抑制后基因表达变化的研究。潜在用途包括：差异表达基因的筛选与验证、上调与下调基因的通路富集分析、ESM1相关调控网络的探索、以及作为宫颈癌分子机制研究的辅助数据。由于数据已处理为标准化计数和DESeq结果，使用者可将其用于比较不同处理条件下的表达模式，或与其他宫颈癌转录组数据集进行整合分析。此外，该数据集也可用于方法学参考，例如了解RNA-seq差异表达分析流程的输出文件组织方式。但具体适用性仍需结合研究目的和源站提供的文件说明进行判断。

【使用方法】

使用者可根据数据集中的不同文件类型开展分析。标准化读取计数可用于基因表达水平比较、样本间相关性分析或可视化；完整的DESeq差异表达结果和DESeq输出文件可用于获取基因的差异倍数、显著性统计量等信息；过滤后的差异表达基因列表以及上调、下调基因列表可直接用于目标基因筛选和功能分析；汇总统计可用于了解数据整体分布和差异表达概况。在使用时，建议先阅读源站提供的文件说明，明确各文件对应关系与列名含义。若需进行下游分析，如富集分析或通路注释，可将差异表达基因列表导入相应工具。关于具体软件版本、参数设置和代码示例，源站未提供。

【质量与限制】

该数据集为处理后RNA-seq数据，包含标准化读取计数、DESeq差异表达结果及汇总统计等，具备一定的可重用性。其来源机构为Zenodo，采用Creative Commons Attribution 4.0 International许可，便于共享与引用。然而，源站未提供原始测序数据、实验重复数、测序深度、比对率、质量控制指标等关键信息，因此无法对数据质量进行全面评估。此外，关于样本制备、测序平台、数据处理流程的详细参数，源站未提供。使用者应注意，该数据集仅针对SiHa宫颈癌细胞中内源性ESM1抑制后的转录组变化，结论不宜直接外推至其他细胞类型或体内条件。数据解释应结合具体研究背景，并参考原研究论文。

【引用与许可】

该数据集采用Creative Commons Attribution 4.0 International许可协议，允许在署名原作者的前提下进行共享、复制、改编和再分发。使用该数据集时，应按照学术规范引用相关作者与数据集来源。作者包括Yu, Chen-Lin、Lin, Chia-Liang、Lee, Hsiang-Lin、Chiou, Hui-Ling、Chen, Pei-Ni、Yang, Shun-Fa、Hsieh, Yi-Hsien。数据集存放于Zenodo，发布时间为2026年。关于具体的引用格式、DOI标识以及源站要求的致谢方式，源站未提供。建议使用者访问doi.org获取正式引用信息，并遵守Creative Commons Attribution 4.0 International许可条款。