PRJNA574897:Homo sapiens 原始序列读段

数据为人类(Homo sapiens)来源的原始测序读段,属于单一研究计划下汇集的生物数据集合。BioProject 记录提供统一入口,便于查找该项目产生的多种数据类型及其链接

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基因组分类Raw sequence reads
PRJNA574897: Homo sapiens Raw sequence reads

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-20

资源简介

PRJNA574897:Homo sapiens 原始序列读段

PRJNA574897 是一个以 Homo sapiens 为对象、以原始测序读段(Raw sequence reads)为核心内容的生物项目数据集,在 NCBI 的 BioProject 体系中登记,编号为 574897。该数据集在本地分类中归入肿瘤 / 宫颈癌方向,说明其与肿瘤尤其是宫颈癌相关研究存在关联。从数据形态看,它汇集的是人类来源的原始测序读段,属于单一研究计划下产生的生物数据集合。BioProject 记录本身并不只是一份数据文件,而是一个统一入口,用于把同一项目下产生的多种数据类型及其链接集中呈现,方便使用者定位和获取。整体而言,该数据集适合作为人类肿瘤相关测序研究的原始数据资源,用于后续的读取、比对、表达分析或变异检测等生物信息学处理流程。

【数据集背景】

该数据集的英文名称为 PRJNA574897: Homo sapiens Raw sequence reads,源站标题为 Homo sapiens (ID 574897) - BioProject - NCBI,来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。BioProject 是 NCBI 提供的一种项目级记录形式,用于汇集与单一研究计划相关的生物数据,这些数据可以来自单一组织,也可以来自一个联合体。一个 BioProject 记录为用户提供统一的位置,以便查找该项目所产生的多种数据类型及其链接。本站将其分类为肿瘤 / 宫颈癌,主题标签为 Raw sequence reads,表明该项目的核心数据形态是原始测序读段,研究对象是人类。

【数据内容】

该数据集的内容为 Homo sapiens 来源的原始测序读段。原始测序读段通常指测序仪直接产出的序列片段,尚未经过比对、组装或定量等深加工。主题标签明确标注为 Raw sequence reads,说明数据以读段形式存在。除原始测序读段这一形态外,源站未提供关于具体样本数量、测序平台、读长、覆盖度、文件格式或数据体积的进一步信息。该 BioProject 记录作为统一入口,可链接到该项目产生的多种数据类型,但具体包含哪些数据类型,源站未提供。

【采集与来源】

该数据集来源于 ncbi.nlm.nih.gov,登记为 BioProject 编号 574897,物种为 Homo sapiens。源站描述指出,BioProject 记录可来自单一组织或联合体,用于汇集与单一研究计划相关的生物数据。除来源站和项目编号外,源站未提供关于采样地点、采样时间、样本处理方式、测序机构或伦理审批等采集细节。

【适用场景】

该数据集适用于需要人类原始测序读段的生物信息学分析场景,例如对肿瘤特别是宫颈癌相关研究进行数据再分析、方法验证或流程测试。由于其为原始读段,使用者可依据自身研究目的开展比对、变异检测、表达定量或序列特征分析等处理。该 BioProject 记录的统一入口特性,也便于使用者查找同一项目下其他类型的数据及其链接。具体适用场景需结合项目实际数据内容判断,源站未提供更细化的适用说明。

【使用方法】

使用者可通过 NCBI BioProject 记录访问该数据集,项目编号为 574897,物种为 Homo sapiens。BioProject 记录提供统一入口,用于查找该项目产生的多种数据类型及其链接。使用者可据此定位原始测序读段及相关数据。关于具体的下载方式、文件组织、分析工具或处理流程,源站未提供。

【质量与限制】

该数据集为原始测序读段,通常需要经过质量控制和分析流程后才能用于下游生物学解释。源站未提供关于数据质量、测序深度、覆盖度、污染情况或批次效应的具体信息。该数据集在本地分类中归入肿瘤 / 宫颈癌,但源站未提供该分类所依据的具体研究设计或样本信息。使用者应注意,BioProject 记录本身是项目级入口,其数据内容以链接形式组织,具体可用数据范围需以源站实际提供为准。

【引用与许可】

源站未提供该数据集的引用格式、许可条款或使用限制信息。使用者如需引用或使用该数据集,应访问 ncbi.nlm.nih.gov 上的对应 BioProject 记录,以获取最新的引用与许可要求。

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使用方式

数据集获取

源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA574897

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

我们呈现了具有合格质量的SiHa细胞系多组学数据集,包括基因组(全外显子测序,WES)、表观基因组(Hi-C和ATAC-seq)及转录组(RNA-seq),这或能为了解SiHa细胞中复杂的细胞程序提供线索,并进一步推动宫颈癌治疗的研究。

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