PRJNA1532026：靶向二代测序揭示HPV阳性宫颈病变中阴道微生物组同资源种团水平改变

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1532026

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数据说明

摘要

阴道微生物失调日益被认为与高危型人乳头瘤病毒（HR-HPV）感染的持续存在及宫颈癌发生有关，然而基于分类学的研究结果并不一致，且阴道微生物组尚未在不同病变阶段于生态功能群水平得到系统表征。在此，我们对335份女性生殖道样本进行了靶向下一代测序（tNGS），用于HPV基因分型及合并感染检测，其中206份样本进一步接受了16S rRNA基因扩增子测序，并按病理分层为慢性宫颈炎（CMI，n = 81）、低级别鳞状上皮内病变（LSIL，n = 74）、高级别鳞状上皮内病变（HSIL，n = 40）和宫颈癌（CC，n = 11）。tNGS与常规PCR-杂交法显示出相同的总体HPV检出率，且一致性高。与CMI相比，CC的物种丰富度和多样性显著更高。在CMI与CC、CC与LSIL之间发现阴道微生物整体结构存在显著差异。77个扩增子序列变异（ASVs）被聚类为9个共丰度群（CAG）。与CMI相比，CAG4和CAG7在CC中显著富集，且CAG7在HSIL中亦富集；CAG4和CAG7可区分CMI与CC。CAG7以Finegoldia等细菌性阴道病（BV）核心厌氧菌为主，并富集了唾液酸降解和核苷酸生物合成通路。我们发现，在LSIL中，合并感染上调CAG1并下调CAG7；而在HSIL中，合并感染特异性升高了以微小脲原体和阴道加德纳菌为主的CAG3。在CMI受试者中，14个共生菌属在HPV阳性个体中显著减少。总之，本研究描绘了宫颈病变进展过程中阴道微生物功能群的动态演化，确定CAG为核心厌氧功能模块，并证实了tNGS用于一站式HPV基因分型的临床实用性。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。