PRJNA1467263:Homo sapiens 原始序列读段

数据为人类(Homo sapiens)来源的原始测序读段,属于与单一研究计划相关的生物数据集合。BioProject 记录将该项目产生的多种数据类型链接汇集于一处,便于检索与获取

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基因组Raw sequence reads
PRJNA1467263: Homo sapiens Raw sequence reads

基本信息

模态
基因组
创建/更新时间
2026-10-20

资源简介

PRJNA1467263:Homo sapiens 原始序列读段

PRJNA1467263 是一个以 Homo sapiens(人类)为物种来源的原始测序读段(Raw sequence reads)数据集,归属于 NCBI 的 BioProject 体系。BioProject 是围绕单一研究计划汇集生物数据的记录形式,这些数据来自单一机构或联合体。该记录为用户提供了一个统一入口,用于查找和链接同一项目所产生的多种数据类型。本站将该数据集归类于肿瘤 / 宫颈癌方向,主题标签为原始测序读段。整体而言,该数据集的核心价值在于汇集人类原始测序读段,并通过 BioProject 记录实现多类型数据的集中检索与获取,便于研究者定位与使用与该项目相关的测序数据资源。

【数据集背景】

该数据集以 BioProject 形式组织,源站标题为“Homo sapiens (ID 1467263) - BioProject - NCBI”,来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。BioProject 的定位是围绕单一研究计划汇集生物数据,这些数据源自单一机构或联合体。BioProject 记录的作用是为用户提供一个统一位置,以查找链接到该项目所生成的各种数据类型。该数据集在中文语境下被归入肿瘤 / 宫颈癌分类,主题标签为原始测序读段。除上述信息外,关于该项目的具体研究背景、立项机构、研究目标等,源站未提供。

【数据内容】

该数据集的内容为 Homo sapiens 来源的原始测序读段(Raw sequence reads)。作为 BioProject 记录,它并不局限于单一数据类型,而是将该项目产生的多种数据类型链接汇集于一处,便于检索与获取。主题标签明确指向“原始测序读段”,说明原始读段是该数据集的核心数据形态。关于读段的具体数量、测序平台、读长、覆盖度、样本数量、文库类型等细节,源站未提供。

【采集与来源】

该数据集来源于 NCBI 的 BioProject 数据库,源站为 ncbi.nlm.nih.gov,记录标识为 ID 1467263,数据集英文名为 PRJNA1467263: Homo sapiens Raw sequence reads。BioProject 的通用定义表明,其数据与单一研究计划相关,可能来自单一机构或联合体。关于样本采集地点、采集时间、伦理审批、受试者信息、具体测序机构等,源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于需要获取人类原始测序读段的场景,尤其是与肿瘤 / 宫颈癌方向相关的研究探索。由于 BioProject 记录汇集了同一项目产生的多种数据类型链接,用户可以通过该记录定位并获取该项目下的原始测序读段及其他关联数据。其典型用途包括:作为原始数据来源用于后续生物信息学分析、数据再挖掘、方法验证或与其他数据集的整合研究。关于该数据集是否适用于特定分析流程或特定临床问题,源站未提供。

【使用方法】

用户可通过 NCBI BioProject 记录(ID 1467263)访问该数据集,并借助记录中提供的链接查找该项目生成的各种数据类型。由于主题标签为原始测序读段,使用时应以原始读段为主要数据对象,并根据 BioProject 提供的链接获取相关数据。关于具体的下载方式、文件格式、数据量、是否需要申请权限、是否有配套分析工具等,源站未提供。

【质量与限制】

该数据集为 BioProject 记录下的原始测序读段,其质量信息、质控指标、污染评估、批次效应等,源站未提供。作为原始读段数据,通常需要使用者自行进行质量控制与预处理,但该数据集的具体质量状况无法从现有信息中确认。此外,该数据集被本站归入肿瘤 / 宫颈癌分类,但源站未提供该分类所依据的具体样本或研究细节。关于数据的使用限制、隐私保护措施、是否包含可识别个人信息等,源站未提供。

【引用与许可】

关于该数据集的引用方式、许可协议、使用条款、数据共享政策等,源站未提供。用户在使用时应参考 NCBI BioProject 记录页面及相关数据文件所附带的说明。由于源站未提供具体的引用格式与许可信息,建议直接访问 NCBI 对应记录以获取最新、最准确的引用与许可要求。

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使用方式

数据集获取

源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1467263

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

本研究旨在阐明从正常宫颈向鳞状上皮内病变及浸润性宫颈鳞状细胞癌进展过程中单细胞转录组的变化特征。我们利用来自中国湖北省武汉大学中南医院接受活检或手术的正常对照(CON,n = 10)、低级别或高级别鳞状上皮内病变患者(SIL,n = 19)以及浸润性宫颈鳞状细胞癌患者(CC,n = 23)的宫颈组织,构建了一个大规模单细胞RNA测序资源。新鲜组织经过处理用于scRNA-seq、类器官培养、组织学验证、多重免疫荧光及其他分子分析。该数据集提供了宫颈癌发生的全面细胞和分子图谱,可能有助于识别与宫颈癌发生和进展相关的细胞群体、微环境改变及潜在生物标志物。

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。

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