癌症基因组图谱
TCGA是经典泛癌种多组学数据资源,常作为CUP组织起源预测模型的训练数据来源。由National Cancer Institute提供,来自Genomic Data Commons,包含多种数据模态,包含20000条数据记录,适用于分类任务,专注于肿瘤领域的原发灶不明癌研究。

基本信息
资源简介
癌症基因组图谱
【一句话概览】
癌症基因组图谱(TCGA)是一项里程碑式癌症基因组学计划,由美国国家癌症研究所与国家人类基因组研究所于2006年联合启动,汇集多学科、多机构研究人员。该计划对超过2万份原发癌症及匹配正常样本进行分子特征分析,覆盖33种癌症类型,在十余年间产生超过2.5拍字节的基因组、表观基因组、转录组和蛋白质组数据。这些数据已推动癌症诊断、治疗和预防能力提升,并将持续向研究界公开,供任何人使用(来源 cancer.gov)。
【数据集背景】
本数据集源站标题为《The Cancer Genome Atlas Program (TCGA)》。
【数据内容】
源站原始描述:The Cancer Genome Atlas (TCGA), a landmark cancer genomics program, molecularly characterized over 20,000 primary cancer and matched normal samples spanning 33 cancer types. This joint effort between NCI and the National Human Genome Research Institute began in 2006, bringing together researchers from diverse disciplines and multiple institutions. Over the next dozen years, TCGA generated over 2.5 petabytes of genomic, epigenomic, transcriptomic, and proteomic data. The data, which has already l…
中文译文(机器翻译,仅供快速理解,请以原文为准):癌症基因组图谱(TCGA)是一项具有里程碑意义的癌症基因组学计划,对涵盖33种癌症类型的20,000多份原发癌症样本及匹配的正常样本进行了分子特征分析。这项由NCI与国家人类基因组研究所共同开展的合作始于2006年,汇集了来自不同学科和多个机构的研究人员。在接下来的十多年里,TCGA产生了超过2.5PB的基因组、表观基因组、转录组和蛋白质组数据。这些数据已经提升了我们诊断、治疗和预防癌症的能力,并将继续公开供研究界的任何人使用。
【主题与分类】
主题标签:cancer、genomics、genome sequencing、epigenomics、transcriptomics、proteomics、pan-cancer。
【适用方向】
多模态数据适合跨模态对齐、融合建模与联合表征学习方向的研究。
【获取与许可】
源站页面:https://www.cancer.gov/ccg/research/genome-sequencing/tcga
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载,适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档,适合快速预览和评估数据集质量。
暂未开放有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务(收技术服务费,非数据销售)
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管,完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站:https://www.cancer.gov/ccg/research/genome-sequencing/tcga
标准获取流程:
- 访问源站链接,注册/登录账号;
- 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
- 部分平台提供 SDK,例如:
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
TCGA是经典泛癌种多组学数据资源,常作为CUP组织起源预测模型的训练数据来源。
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