研究电离辐射对人细胞系K562、Me45和HCT116(含或不含p53敲除)转录谱的影响

主题标签:肿瘤、癌症、电离辐射、p53敲除、转录谱、细胞系、K562、HCT116。本站分类:肿瘤/癌症(总论)。本数据集为肿瘤领域公开数据集,主题涵盖肿瘤。

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医学影像分类肿瘤癌症电离辐射p53敲除转录谱细胞系K562HCT116
Transcription profiling of human cell lines K562, Me45 and HCT116 with or without p53 knock-out to study the effect of ionizing radiation

基本信息

模态
医学影像
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-14

资源简介

研究电离辐射对人细胞系K562、Me45和HCT116(含或不含p53敲除)转录谱的影响

该数据集为一项转录谱研究,英文名称为“Transcription profiling of human cell lines K562, Me45 and HCT116 with or without p53 knock-out to study the effect of ionizing radiation”,来源站为ebi.ac.uk。数据集围绕人类细胞系K562、Me45和HCT116展开,重点考察在p53敲除与未敲除条件下,细胞接受电离辐射后的转录谱变化。其主题标签涵盖肿瘤、癌症、电离辐射、p53敲除、转录谱和细胞系等方向,本站分类归入肿瘤/癌症(总论)。整体来看,该数据集属于肿瘤领域公开数据集,主题涵盖肿瘤,可用于了解不同p53状态下细胞对电离辐射的转录响应特征。

【数据集背景】

该数据集的研究背景涉及肿瘤与癌症领域,关注电离辐射对细胞转录活动的影响,并引入p53敲除条件作为关键变量。p53是肿瘤研究中常被关注的基因,敲除与否可能影响细胞对辐射的响应模式。数据集选用K562、Me45和HCT116三种人类细胞系,在有无p53敲除的条件下进行转录谱分析,以研究电离辐射效应。源站描述中标注作者为Roman Jaksik,时间为2010年,数据集访问地址为https://www.ebi.ac.uk/arrayexpress/experiments/E-MEXP-2623。除上述信息外,源站未提供更详细的研究背景说明。

【数据内容】

数据内容为人类细胞系K562、Me45和HCT116在有无p53敲除条件下的转录谱。研究主题涵盖电离辐射、p53敲除、转录谱和细胞系等标签。数据集涉及三种细胞系,并设置p53敲除与未敲除的对比条件,同时结合电离辐射处理,以观察转录层面的变化。本站分类为肿瘤/癌症(总论),说明该数据集可归入肿瘤领域公开数据。关于样本数量、检测平台、基因数量、具体表达值或差异分析结果等细节,源站未提供。

【采集与来源】

该数据集来源站为ebi.ac.uk,源站描述中给出的引用信息为:Roman Jaksik (2010). Transcription profiling of human cell lines K562, Me45 and HCT116 with or without p53 knock-out to study the effect of ionizing radiation [Dataset]. https://www.ebi.ac.uk/arrayexpress/experiments/E-MEXP-2623。由此可知,数据集通过EBI ArrayExpress平台发布,标识为E-MEXP-2623,作者为Roman Jaksik,发布年份为2010年。关于具体实验操作、细胞培养条件、辐射剂量、采样时间点、测序或芯片平台等采集细节,源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于肿瘤/癌症(总论)相关研究场景,尤其适合关注电离辐射响应、p53功能状态、转录谱变化以及K562、Me45和HCT116细胞系的研究。由于主题标签包括肿瘤、癌症、电离辐射、p53敲除、转录谱和细胞系,该数据可用于探索不同p53背景下细胞对辐射的转录反应差异,也可作为肿瘤生物学、放射生物学或基因功能研究中的公开数据资源。具体分析目标需结合源站提供的数据内容确定,源站未提供更详细的适用建议。

【使用方法】

该数据集可通过源站地址https://www.ebi.ac.uk/arrayexpress/experiments/E-MEXP-2623访问。使用时应依据源站提供的下载方式、文件格式和说明进行操作。由于本站分类为肿瘤/癌症(总论),使用者可将其作为肿瘤领域公开数据集进行检索和引用。关于数据下载后的预处理、归一化、统计分析流程或软件工具,源站未提供。

【质量与限制】

该数据集来自ebi.ac.uk,具有明确的来源站描述和引用信息,作者为Roman Jaksik,发布年份为2010年。其主题标签和本站分类清晰,便于在肿瘤/癌症(总论)范围内检索。限制方面,源站未提供样本量、平台信息、数据完整度、质控指标或潜在偏差等细节,因此无法对数据质量作进一步判断。使用者应结合源站原始说明评估适用性。

【引用与许可】

引用信息为:Roman Jaksik (2010). Transcription profiling of human cell lines K562, Me45 and HCT116 with or without p53 knock-out to study the effect of ionizing radiation [Dataset]. https://www.ebi.ac.uk/arrayexpress/experiments/E-MEXP-2623。关于该数据集的许可条款、使用限制或再分发要求,源站未提供。

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数据集获取

源站:https://ebi.ac.uk/arrayexpress/experiments/E-MEXP-2623

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  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
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    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

Roman Jaksik (2010)。对有无p53基因敲除的人细胞系K562、Me45和HCT116进行转录谱分析,以研究电离辐射的影响[数据集]。https://www.ebi.ac.uk/arrayexpress/experiments/E-MEXP-2623

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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