人PD-L1与抗体avelumab复合物晶体结构（313K，40°C，100 ns）
该数据集为PDB条目5GRJ，收录人PD-L1与抗体avelumab复合物的晶体结构，模拟条件为313K、40°C、100 ns，每50 ns取一次构象
基本信息
资源简介
人PD-L1与抗体avelumab复合物晶体结构（313K，40°C，100 ns）
该数据集对应蛋白质结构数据库条目5GRJ，收录的是人PD-L1与抗体avelumab形成的复合物的晶体结构。相关模拟在313K（即40°C）条件下进行，时间尺度为100 ns，并以每50 ns为间隔提取构象。数据集由作者Stan, Razvan发布，来源机构为Harvard Dataverse，发布时间为2023年，来源站为doi.org。本站将其归类于肿瘤/癌症（总论）方向，主题标签涵盖计算机与信息科学、医学健康与生命科学，以及发热、癌症、免疫治疗、炎症和PD-L1等关键词。整体而言，该数据集围绕PD-L1与avelumab的相互作用，提供了可用于观察复合物结构动态行为的模拟构象集合。
【数据集背景】
PD-L1是免疫检查点研究中的关键分子，其与抗体结合的结构信息对于理解免疫治疗机制具有重要意义。avelumab是一种靶向PD-L1的抗体，该数据集以人PD-L1与avelumab复合物为对象，提供了晶体结构及其在特定温度条件下的分子动力学模拟结果。数据集的主题标签中包含免疫治疗、癌症、炎症和发热等词，说明其内容与肿瘤免疫及炎症相关研究背景存在关联。本站分类将其归入肿瘤/癌症（总论），表明该数据可服务于癌症领域的结构生物学与免疫治疗研究。
【数据内容】
该数据集的核心内容为PDB条目5GRJ，即人PD-L1与抗体avelumab复合物的晶体结构。在结构基础上，数据集包含了在313K、40°C条件下进行的100 ns模拟，并每50 ns取一次构象，因此形成了一系列随时间变化的构象样本。这些构象可用于观察复合物在设定温度下的结构变化趋势。源站描述中明确提到“PDBs taken every 50 ns”，说明数据以PDB格式按时间间隔组织。数据集未提供更多关于原子数量、分辨率、力场参数或具体构象数量的信息。
【采集与来源】
数据集的来源站为doi.org，发布机构为Harvard Dataverse，作者为Stan, Razvan，发布时间为2023年。源站描述给出了该条目的基本模拟条件：313K、40°C、100 ns，并说明每50 ns提取一次PDB结构。除上述信息外，关于原始晶体结构的实验方法、数据采集设备、模拟软件及具体计算平台等信息，源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于与PD-L1/avelumab复合物结构相关的研究场景，例如免疫检查点抗体结合模式的分析、分子动力学模拟结果的比较，以及癌症免疫治疗相关的结构生物学教学或方法开发。主题标签中的计算机与信息科学提示其也可能用于结构数据的处理、可视化或计算方法测试。由于数据以每50 ns的间隔提供构象，适合用于观察时间序列上的结构变化，而非单一静态结构分析。具体应用方向需结合用户自身研究目的确定，源站未提供明确的适用建议。
【使用方法】
该数据集以PDB条目5GRJ及按50 ns间隔提取的构象形式提供。使用者可根据源站描述获取相应结构文件，并按照时间序列对构象进行分析。由于数据涉及313K、40°C和100 ns的模拟条件，使用时应关注温度与时间尺度对结构行为的影响。关于文件组织方式、下载途径、所需软件及具体分析流程，源站未提供进一步说明。
【质量与限制】
该数据集基于晶体结构条目5GRJ，并在313K、40°C条件下进行100 ns模拟，每50 ns取一次构象。其限制在于：源站未提供模拟力场、溶剂模型、重复次数、收敛性评估或验证指标，因此无法判断模拟结果的统计稳健性。此外，数据仅覆盖100 ns时间尺度，可能不足以充分采样较大的构象变化。关于晶体结构本身的实验分辨率、R因子等质量指标，源站未提供。使用者应结合自身研究需求评估其适用性。
【引用与许可】
该数据集的作者为Stan, Razvan，发布机构为Harvard Dataverse，发布时间为2023年，来源站为doi.org。关于具体的引用格式、许可协议、使用条款及是否允许再分发等信息，源站未提供。使用者在引用或使用该数据集前，应自行查阅来源站点的相关说明。
下载信息
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需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://doi.org/10.7910/DVN/CPRNBB
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
5GRJ, Crystal structure of human PD-L1 in complex with avelumab (313K, 40°C, 100 ns). PDBs taken every 50 ns.
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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