人PD-L1与抗体avelumab复合物晶体结构（312K，39°C，100 ns）
该数据集为PDB条目5GRJ，收录人PD-L1与抗体avelumab复合物的晶体结构，模拟条件为312K、39°C、100 ns，每50 ns取一次构象
基本信息
资源简介
人PD-L1与抗体avelumab复合物晶体结构（312K，39°C，100 ns）
该数据集对应蛋白质结构数据库（PDB）条目5GRJ，收录的是人源PD-L1蛋白与抗体avelumab形成的复合物的晶体结构。根据源站描述，该结构在312K（约39°C）条件下进行了时长100 ns的模拟，并每隔50 ns提取一次构象，因此数据集中包含多个时间点的结构快照。数据集由作者Stan, Razvan发布，机构为Harvard Dataverse，发布时间为2023年，来源站为doi.org。本站将其归类于肿瘤/癌症（总论）方向，主题标签涵盖计算机与信息科学、医学健康与生命科学，以及发热、癌症、免疫治疗、炎症和PD-L1等关键词。该数据集可用于研究PD-L1与avelumab的相互作用模式，以及在不同模拟时间点下复合物构象的动态变化。
【数据集背景】
PD-L1（程序性死亡配体1）是免疫检查点通路中的重要蛋白，其与相应受体的结合在肿瘤免疫逃逸中扮演关键角色。抗体avelumab是一种靶向PD-L1的治疗性抗体，通过阻断PD-L1与其受体的相互作用来恢复免疫系统对肿瘤细胞的攻击能力。该数据集提供的晶体结构信息，有助于从原子层面理解avelumab如何识别人PD-L1，以及复合物在接近生理温度条件下的结构稳定性。源站描述中提到的312K（39°C）和100 ns模拟时长，表明该数据不仅包含静态晶体结构，还涉及一定时间尺度下的构象采样，每50 ns取一次构象，为研究复合物的动态行为提供了基础。
【数据内容】
该数据集的核心内容是PDB条目5GRJ所对应的人PD-L1与avelumab复合物的晶体结构，以及基于该结构在312K、39°C条件下进行100 ns模拟后、每50 ns提取一次的构象集合。这些构象以结构文件形式呈现，反映了复合物在模拟过程中的不同时间点状态。主题标签中包括“fever”“cancer”“immunotherapy”“inflammation”“PD-L1”等，提示该数据可能与发热条件下的免疫治疗、炎症环境以及癌症相关研究有关。本站分类为肿瘤/癌症（总论），说明其应用领域集中在肿瘤学与癌症研究的总论层面。
【采集与来源】
该数据集的来源站为doi.org，作者为Stan, Razvan，机构为Harvard Dataverse，发布时间为2023年。源站描述明确指出：“5GRJ, Crystal structure of human PD-L1 in complex with avelumab (312K, 39°C, 100 ns). PDBs taken every 50 ns.” 这表明数据采集自PDB条目5GRJ，并在此基础上进行了分子动力学模拟，模拟温度设定为312K（即39°C），总时长为100 ns，每50 ns保存一次构象。数据通过Harvard Dataverse平台发布，并可通过doi.org访问。
【适用场景】
该数据集适用于以下场景：研究PD-L1与avelumab抗体复合物的三维结构特征；分析在312K（39°C）条件下复合物构象随时间的变化；探讨发热或炎症环境下免疫检查点抑制剂的结构行为；作为癌症免疫治疗相关分子模拟的参考结构；用于计算机辅助药物设计或抗体工程中的结构建模与验证。主题标签中的“Computer and Information Science”提示该数据也可用于计算方法开发或结构生物信息学分析。
【使用方法】
使用者可依据源站描述，获取PDB条目5GRJ的晶体结构，并利用每50 ns取一次的构象集合进行构象分析、聚类、主成分分析或结合自由能计算等。由于模拟条件为312K、39°C，使用者应注意温度对结构动态的影响，并可根据研究需要选取特定时间点的构象。数据以结构文件形式提供，可借助常见的分子可视化与模拟分析软件进行读取和处理。具体文件格式、下载方式及使用条款需参考来源站doi.org及Harvard Dataverse上的说明。
【质量与限制】
源站未提供关于数据质量评估、分辨率、R因子、模拟力场、溶剂模型等具体指标。已知的模拟条件为312K、39°C、100 ns，每50 ns取一次构象，但未说明模拟的重复次数、平衡判据或收敛性检验。此外，该数据集仅包含单一PDB条目5GRJ的模拟衍生构象，未提供实验验证的重复结构或与其他抗体复合物的比较数据。使用者应结合自身研究目的，谨慎解释模拟结果，并注意温度条件（39°C）可能偏离标准生理温度（37°C）所带来的影响。
【引用与许可】
该数据集的作者为Stan, Razvan，机构为Harvard Dataverse，发布时间为2023年，来源站为doi.org。引用时应依据来源站提供的引用格式，注明PDB条目5GRJ及对应的模拟条件。关于许可信息，源站未提供具体许可条款，使用者需访问doi.org或Harvard Dataverse页面查看相关使用规定。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://doi.org/10.7910/DVN/IL9VZC
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据集大小约 972.1 MB。
数据说明
5GRJ, Crystal structure of human PD-L1 in complex with avelumab (312K, 39°C, 100 ns). PDBs taken every 50 ns.
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
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