人PD-L1与抗体avelumab复合物晶体结构(311K,38°C,100 ns)

该数据集为PDB条目5GRJ,收录人PD-L1与抗体avelumab复合物的晶体结构,模拟条件为311K、38°C、100 ns,每50 ns取一次构象

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蛋白质Computer and Information ScienceMedicine, Health and Life SciencesfevercancerimmunotherapyinflammationPD-L1
PDB: 5GRJ, Crystal structure of human PD-L1 in complex with antibody avelumab (311K, 38°C, 100 ns)

基本信息

模态
蛋白质
大小
0.971728975 GB
创建/更新时间
2026-10-07

资源简介

人PD-L1与抗体avelumab复合物晶体结构(311K,38°C,100 ns)

该数据集对应蛋白质结构数据库条目5GRJ,收录的是人源PD-L1与抗体avelumab形成的复合物的晶体结构。相关模拟在311K、38°C条件下进行,模拟时长为100 ns,并每50 ns提取一次构象。数据集由作者Stan, Razvan发布,机构为Harvard Dataverse,发布时间为2023年,来源站为doi.org。本站将其归类于肿瘤/癌症(总论)方向,主题标签涵盖计算机与信息科学、医学、健康与生命科学,以及发热、癌症、免疫治疗、炎症、PD-L1等关键词。整体而言,该数据集围绕PD-L1与avelumab相互作用的结构信息展开,适合关注肿瘤免疫治疗、抗体-靶点复合物结构及分子动力学模拟的研究者参考使用。

【数据集背景】

PD-L1是肿瘤免疫治疗领域的重要靶点之一,其与抗体药物的复合物结构有助于理解抗体识别与结合机制。avelumab是一种靶向PD-L1的抗体。该数据集以PDB条目5GRJ为基础,提供人PD-L1与avelumab复合物的晶体结构信息,并包含在311K、38°C条件下100 ns的模拟数据,每50 ns取一次构象。本站分类为肿瘤/癌症(总论),主题标签涉及癌症、免疫治疗、炎症、发热、PD-L1,以及计算机与信息科学、医学、健康与生命科学。这些信息表明该数据集面向肿瘤免疫相关结构研究与计算分析场景。

【数据内容】

该数据集的核心内容为PDB条目5GRJ所对应的人PD-L1与抗体avelumab复合物晶体结构。源站描述指出,其模拟条件为311K、38°C、100 ns,并且每50 ns取一次构象。因此,数据内容不仅涉及静态的复合物晶体结构,还涉及随时间演化的构象采样信息。主题标签中的“Computer and Information Science”提示该数据可能用于计算与信息科学相关分析;“Medicine, Health and Life Sciences”则指向医学与生命科学应用。关于复合物的具体分辨率、晶胞参数、原子坐标细节、模拟力场、溶剂模型、具体构象数量等,源站未提供。

【采集与来源】

该数据集的来源站为doi.org,作者为Stan, Razvan,机构为Harvard Dataverse,发布时间为2023年。源站描述明确给出条目编号5GRJ,并说明其为人PD-L1与avelumab复合物的晶体结构,模拟条件为311K、38°C、100 ns,每50 ns取一次构象。本站分类为肿瘤/癌症(总论)。关于原始实验方法、数据采集设备、数据处理流程、模拟软件与参数设置等,源站未提供。

【适用场景】

基于现有信息,该数据集可用于肿瘤免疫治疗相关研究,尤其是围绕PD-L1与avelumab相互作用的结构分析。主题标签中的癌症、免疫治疗、炎症、PD-L1等关键词,说明其可能适用于抗体识别机制、免疫检查点相关研究以及分子模拟结果的比较分析。由于包含100 ns模拟并每50 ns取一次构象,该数据也可能用于构象变化、动态行为或复合物稳定性相关的计算研究。关于具体适用疾病亚型、临床转化用途、药物开发阶段等,源站未提供。

【使用方法】

该数据集以PDB条目5GRJ为核心标识,并包含311K、38°C、100 ns模拟条件下每50 ns取一次的构象。使用者可根据这些信息定位复合物结构及构象采样数据,用于结构可视化、分子对接、分子动力学分析或免疫治疗相关机制研究。本站分类为肿瘤/癌症(总论),主题标签包含计算机与信息科学,提示其可结合计算分析方法使用。关于文件格式、下载方式、软件兼容性、具体分析流程等,源站未提供。

【质量与限制】

该数据集来源为doi.org,作者为Stan, Razvan,机构为Harvard Dataverse,发布时间为2023年。源站描述给出了PDB条目5GRJ、复合物组成、模拟温度311K、38°C、模拟时长100 ns以及每50 ns取一次构象等信息。关于数据完整性、分辨率、验证指标、模拟收敛性、重复性、误差范围等质量相关信息,源站未提供。使用者应结合自身研究目的判断适用性。关于许可条款、使用限制、商业用途规定等,源站未提供。

【引用与许可】

该数据集的作者为Stan, Razvan,机构为Harvard Dataverse,发布时间为2023年,来源站为doi.org。引用时应依据来源站提供的引用信息进行标注。关于具体引用格式、DOI、许可类型、授权范围、是否允许再分发或商业使用等,源站未提供。

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源站:https://doi.org/10.7910/DVN/CJPNR1

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据集大小约 971.7 MB。

数据说明

5GRJ, Crystal structure of human PD-L1 in complex with avelumab (311K, 38°C, 100 ns). PDBs taken every 50 ns.

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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