PDB: 5GGV，CTLA-4 与 tremelimumab Fab 复合物（313K，40°C，100 ns）

Name: PDB: 5GGV，CTLA-4 与 tremelimumab Fab 复合物（313K，40°C，100 ns）
Creator: Harvard Dataverse

数据在 313K、40°C 条件下进行了 100 ns 的模拟，并包含每 50 ns 获取一次的 PDB 结构文件。该数据可用于研究 CTLA-4 与 tremelimumab 的相互作用、免疫检查点抑制剂相关机制以及肿瘤免疫治疗方向的结构分析（来源 DOI 解析）

Harvard Dataverse

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其他Computer and Information ScienceMedicine, Health and Life SciencesfevercancerimmunotherapytremelimumabinflammationCTLA-4immune checkpoint inhibitors

PDB: 5GGV, CTLA-4 in complex with tremelimumab Fab (313K, 40°C, 100 ns)

基本信息

模态

其他

大小

1.405572528 GB

创建/更新时间

2026-10-07

资源简介

PDB: 5GGV，CTLA-4 与 tremelimumab Fab 复合物（313K，40°C，100 ns）

PDB: 5GGV 数据集围绕 CTLA-4 与 tremelimumab Fab 的复合物展开，记录了在 313K（约 40°C）条件下进行的 100 ns 分子动力学模拟，并包含每 50 ns 获取一次的 PDB 结构文件。该数据集由 Stan, Razvan 提交至 Harvard Dataverse，发布时间为 2023 年，来源站为 doi.org。其主题涵盖计算机与信息科学、医学、健康与生命科学，并涉及发热、癌症、免疫治疗、tremelimumab、炎症、CTLA-4 及免疫检查点抑制剂等方向。整体而言，该数据可用于研究 CTLA-4 与 tremelimumab 的相互作用、免疫检查点抑制剂相关机制以及肿瘤免疫治疗方向的结构分析。

【数据集背景】

CTLA-4 是免疫检查点研究中的重要靶点，而 tremelimumab 是一种针对该靶点的抗体。该数据集以 CTLA-4 与 tremelimumab Fab 的复合物为对象，提供了在特定温度条件下进行分子动力学模拟后获得的结构文件。数据集所属分类为肿瘤 / 癌症（总论），主题标签同时覆盖计算机与信息科学以及医学、健康与生命科学，说明其定位既涉及结构数据的计算处理，也服务于肿瘤免疫治疗相关研究。来源站为 doi.org，机构为 Harvard Dataverse，作者为 Stan, Razvan，发布时间为 2023 年。

【数据内容】

数据内容为 CTLA-4 与 tremelimumab Fab 复合物在 313K、40°C 条件下进行 100 ns 模拟的结果，并包含每 50 ns 获取一次的 PDB 结构文件。源站描述明确指出，该数据集包含每 50 ns 获取的 PDB 文件。因此，从时间序列角度看，这些结构文件可用于观察模拟过程中不同时间点的构象状态。数据集名称中同时标注了 313K、40°C 和 100 ns，这些条件与模拟时长共同构成了数据内容的核心参数。除上述信息外，源站未提供更多关于文件数量、文件大小或具体结构细节的说明。

【采集与来源】

该数据集来源于 doi.org，由作者 Stan, Razvan 提交，机构为 Harvard Dataverse，发布时间为 2023 年。源站标题为“PDB: 5GGV, CTLA-4 in complex with tremelimumab Fab (313K, 40°C, 100 ns)”，源站描述为“CTLA-4 in complex with tremelimumab Fab (313K, 40°C, 100 ns). Contains PDBs obtained every 50 ns.”。这些信息表明，数据是通过分子动力学模拟采集并以 PDB 结构文件形式保存的。关于具体的模拟软件、力场、采样策略或计算平台，源站未提供。

【适用场景】

该数据可用于研究 CTLA-4 与 tremelimumab 的相互作用、免疫检查点抑制剂相关机制以及肿瘤免疫治疗方向的结构分析。主题标签中的 fever、cancer、immunotherapy、tremelimumab、inflammation、CTLA-4、immune checkpoint inhibitors 进一步提示，其适用方向包括肿瘤免疫治疗、免疫检查点机制以及炎症与发热相关背景下的结构研究。由于数据包含每 50 ns 获取的 PDB 结构文件，也可用于分析复合物在模拟时间序列中的构象变化。除此之外的具体应用场景，源站未提供。

【使用方法】

使用者可基于每 50 ns 获取一次的 PDB 结构文件，对 CTLA-4 与 tremelimumab Fab 复合物在 313K、40°C、100 ns 模拟条件下的结构变化进行分析。由于数据以 PDB 格式提供，通常可借助分子可视化或结构分析工具进行查看与处理。关于具体的分析流程、参数设置或推荐软件，源站未提供。

【质量与限制】

该数据集明确给出了模拟温度 313K（40°C）和模拟时长 100 ns，并说明包含每 50 ns 获取的 PDB 文件。这些信息为理解数据的时间分辨率和条件提供了基础。然而，源站未提供关于模拟收敛性、重复次数、力场选择、验证方法或误差评估的信息。因此，在使用该数据时，应仅依据已提供的条件与结构文件进行判断，不宜推断其未说明的质量指标或适用范围。

【引用与许可】

该数据集作者为 Stan, Razvan，机构为 Harvard Dataverse，发布时间为 2023 年，来源站为 doi.org。关于具体的引用格式、许可协议或使用条款，源站未提供。

原始链接

https://doi.org/10.7910/DVN/LRHNOM

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源站：https://doi.org/10.7910/DVN/LRHNOM

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- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据集大小约 1.41 GB。

数据说明

CTLA-4 in complex with tremelimumab Fab (313K, 40°C, 100 ns). Contains PDBs obtained every 50 ns.

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别