PDB: 5GGT，PD-L1 与 BMS-936559 Fab 复合物（312K，39°C，100 ns）

资源简介

PDB: 5GGT，PD-L1 与 BMS-936559 Fab 复合物（312K，39°C，100 ns）

该数据集为 PDB 结构 5GGT 的分子动力学模拟数据，内容为 PD-L1 与 BMS-936559 Fab 的复合物，模拟条件为 312K、39°C、100 ns，每 50 ns 获取一次 PDB 结构。数据集英文名称为 PDB: 5GGT, PD-L1 in complex with BMS-936559 Fab (312K, 39°C, 100 ns)，由作者 Stan, Razvan 发布，机构为 Harvard Dataverse，发布时间为 2023 年。本站分类为肿瘤 / 癌症（总论），来源站为 doi.org。主题标签涵盖 Computer and Information Science、Medicine, Health and Life Sciences、fever、cancer、immunotherapy、inflammation、PD-L1。该数据集面向肿瘤免疫治疗相关研究，提供 PD-L1 与 BMS-936559 Fab 复合物在特定温度和时长条件下的分子动力学模拟轨迹结构文件。

【数据集背景】

该数据集围绕 PD-L1 与 BMS-936559 Fab 的复合物展开。PD-L1 是肿瘤免疫治疗研究中的重要靶点，BMS-936559 Fab 则是与之结合的抗体片段。数据集的主题标签包括 cancer、immunotherapy、inflammation、fever 以及 PD-L1，表明其与肿瘤、癌症总论以及免疫治疗、炎症和发热等相关研究方向存在关联。数据集英文名称中明确标注了 PDB: 5GGT，说明其以 PDB 结构 5GGT 为基础。来源站为 doi.org，机构为 Harvard Dataverse，发布时间为 2023 年，作者为 Stan, Razvan。本站分类将其归入肿瘤 / 癌症（总论）。这些信息共同构成了该数据集的背景定位，即面向肿瘤免疫治疗相关领域的分子动力学模拟结构数据。

【数据内容】

该数据集的内容为 PDB 结构 5GGT 的分子动力学模拟数据，具体是 PD-L1 与 BMS-936559 Fab 的复合物。模拟条件为 312K、39°C、100 ns，并且每 50 ns 获取一次 PDB 结构。源站描述中同样指出，5GGT, PD-L1 in complex with BMS-936559 Fab (312K, 39°C, 100 ns)，并且 PDBs obtained every 50 ns。因此，数据集包含的是在 100 ns 模拟过程中每隔 50 ns 提取的 PDB 结构文件。这些结构文件反映了 PD-L1 与 BMS-936559 Fab 复合物在 312K（即 39°C）条件下的分子动力学模拟轨迹中的特定构象。数据集的主题标签还涉及 Computer and Information Science，说明其可能包含与计算相关的数据内容或适用于计算分析。

【采集与来源】

该数据集的来源站为 doi.org，机构为 Harvard Dataverse，作者为 Stan, Razvan，发布时间为 2023 年。源站描述提供了数据集的核心信息：5GGT, PD-L1 in complex with BMS-936559 Fab (312K, 39°C, 100 ns). PDBs obtained every 50 ns. 这表明数据采集或生成过程与分子动力学模拟相关，模拟对象为 PD-L1 与 BMS-936559 Fab 的复合物，模拟温度为 312K（39°C），模拟时长为 100 ns，并且每 50 ns 输出一次 PDB 结构。关于具体的模拟软件、力场、溶剂模型、采样策略等更详细的采集参数，源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于肿瘤免疫治疗、癌症总论、炎症与发热相关研究，以及 PD-L1 与抗体片段相互作用的计算分析。主题标签中的 Computer and Information Science 表明其可用于计算机与信息科学领域的分析任务，例如分子动力学轨迹分析、结构构象变化研究、蛋白-抗体相互作用模拟等。由于数据集包含 PD-L1 与 BMS-936559 Fab 复合物在 312K、39°C、100 ns 条件下的模拟结构，因此可用于研究该复合物在不同时间点的构象变化，或用于比较不同模拟条件下的结构稳定性。此外，该数据集也可用于免疫治疗相关靶点的结构生物学研究，以及癌症、炎症和发热相关机制的计算探索。具体适用场景的详细说明，源站未提供。

【使用方法】

该数据集以 PDB 结构文件形式提供，每 50 ns 获取一次，共覆盖 100 ns 的模拟过程。使用者可按照时间序列加载这些 PDB 文件，分析 PD-L1 与 BMS-936559 Fab 复合物在模拟过程中的构象变化。由于数据集英文名称中标注了 312K、39°C、100 ns，使用者应确保在分析时考虑这些模拟条件。主题标签中的 Computer and Information Science 提示该数据集可能适合采用计算工具进行处理，例如分子可视化软件、轨迹分析工具或结构比对程序。关于具体的文件组织方式、命名规则、使用步骤或推荐软件，源站未提供。

【质量与限制】

该数据集基于 PDB 结构 5GGT 进行分子动力学模拟，模拟条件为 312K、39°C、100 ns，每 50 ns 获取一次 PDB 结构。这些信息明确了数据的时间分辨率和模拟温度，但关于模拟的重复次数、力场选择、溶剂条件、边界条件、采样收敛性等质量相关参数，源站未提供。此外，数据集仅包含每 50 ns 的 PDB 结构，而非连续轨迹，因此可能无法完整反映模拟过程中所有时间尺度的构象变化。关于数据的准确性、完整性或潜在偏差，源站未提供进一步说明。使用者应结合自身研究目的评估数据适用性。

【引用与许可】

该数据集的作者为 Stan, Razvan，机构为 Harvard Dataverse，发布时间为 2023 年，来源站为 doi.org。关于具体的引用格式、许可协议或使用条款，源站未提供。使用者在引用或使用该数据集时，应参考来源站 doi.org 上的原始页面以获取准确的引用信息和许可要求。