PDB: 5GGT，PD-L1 与 BMS-936559 Fab 复合物（311K，38°C，100 ns）

资源简介

PDB: 5GGT，PD-L1 与 BMS-936559 Fab 复合物（311K，38°C，100 ns）

该数据集为 PDB 编号 5GGT 的分子动力学模拟数据，内容为 PD-L1 与 BMS-936559 Fab 的复合物结构，模拟条件为 311K、38°C、100 ns，每 50 ns 获取一次 PDB 结构。数据集英文名称为 PDB: 5GGT, PD-L1 in complex with BMS-936559 Fab (311K, 38°C, 100 ns)，由作者 Stan, Razvan 发布，机构为 Harvard Dataverse，发布时间为 2023 年。本站分类为肿瘤 / 癌症（总论），来源站为 doi.org。主题标签涵盖 Computer and Information Science、Medicine, Health and Life Sciences、fever、cancer、immunotherapy、inflammation、PD-L1。该数据集面向肿瘤免疫治疗相关研究，提供 PD-L1 与 BMS-936559 Fab 复合物在特定温度条件下的分子动力学模拟轨迹结构文件。

【数据集背景】

PD-L1 是免疫检查点研究中的重要靶点，其与抗体 Fab 片段的复合物结构对于理解免疫治疗机制具有参考意义。BMS-936559 是一种靶向 PD-L1 的抗体，该数据集以 PDB 编号 5GGT 为基础，围绕 PD-L1 与 BMS-936559 Fab 的复合物开展分子动力学模拟。数据集的主题标签中包含 cancer、immunotherapy、inflammation、fever 等，表明其与肿瘤、免疫治疗及炎症相关研究方向存在关联。本站将其归类为肿瘤 / 癌症（总论）。该数据集由 Stan, Razvan 发布，机构为 Harvard Dataverse，发布时间为 2023 年。

【数据内容】

该数据集的核心内容为 PDB 编号 5GGT 的分子动力学模拟数据，具体为 PD-L1 与 BMS-936559 Fab 的复合物结构。模拟条件为 311K、38°C、100 ns，并且在模拟过程中每 50 ns 获取一次 PDB 结构。数据集英文名称中同时标注了 311K、38°C、100 ns 等条件信息，与源站描述一致。源站描述中还提及“PDBs obtained every 50 ns”，说明该数据集包含按时间间隔抽取的 PDB 结构文件。除上述内容外，源站未提供关于文件数量、文件格式、原子数、力场参数等更详细的信息。

【采集与来源】

该数据集的来源站为 doi.org，发布机构为 Harvard Dataverse，作者为 Stan, Razvan，发布时间为 2023 年。源站描述为：“5GGT, PD-L1 in complex with BMS-936559 Fab (311K, 39°C, 100 ns). PDBs obtained every 50 ns.” 需要说明的是，数据集英文名称中标注的温度为 38°C，而源站描述中标注的温度为 39°C，两者存在差异。除上述来源信息外，源站未提供关于模拟软件、力场、采样方法、数据采集设备或具体实验流程的更多信息。

【适用场景】

该数据集适用于与 PD-L1、BMS-936559 Fab 复合物结构相关的分子动力学模拟研究，可用于肿瘤、癌症、免疫治疗、炎症等方向的探索性分析。主题标签中包含 Computer and Information Science，表明其也可能适用于计算机与信息科学相关的数据处理、结构分析或方法学研究。由于数据内容为每 50 ns 获取一次的 PDB 结构，该数据集可用于观察复合物在 100 ns 模拟过程中的结构变化。除上述基于事实清单可合理组织的用途外，源站未提供关于具体适用场景的更多说明。

【使用方法】

该数据集以 PDB 结构文件形式提供，模拟过程中每 50 ns 获取一次 PDB 结构。使用者可根据 PDB 编号 5GGT 及 PD-L1 与 BMS-936559 Fab 复合物这一对象，结合 311K、38°C、100 ns 的模拟条件，对获取到的结构文件进行查看与分析。由于源站未提供关于文件组织方式、命名规则、分析工具或操作步骤的说明，具体使用方法需依据源站进一步确认。源站未提供关于软件依赖、参数设置或数据处理流程的更多信息。

【质量与限制】

该数据集明确给出了模拟温度 311K、38°C、100 ns 以及每 50 ns 获取一次 PDB 结构等信息，但数据集英文名称中的温度标注为 38°C，源站描述中的温度标注为 39°C，二者不一致，使用时应予以注意。此外，源站未提供关于模拟力场、重复次数、收敛性评估、结构验证指标或数据完整性检查等信息，因此无法依据现有内容对数据质量作出进一步判断。该数据集发布时间为 2023 年，作者为 Stan, Razvan，机构为 Harvard Dataverse。除上述内容外，源站未提供关于数据质量与限制的更多说明。

【引用与许可】

该数据集的作者为 Stan, Razvan，机构为 Harvard Dataverse，发布时间为 2023 年，来源站为 doi.org。数据集英文名称为 PDB: 5GGT, PD-L1 in complex with BMS-936559 Fab (311K, 38°C, 100 ns)。关于该数据集的引用格式、许可协议、使用条款或版权声明，源站未提供。