PDB: 5GGT，PD-L1 与 BMS-936559 Fab 复合物（310K，37°C，100 ns）

资源简介

PDB: 5GGT，PD-L1 与 BMS-936559 Fab 复合物（310K，37°C，100 ns）

该数据集记录的是蛋白质数据库结构 5GGT 的分子动力学模拟结果，研究对象为 PD-L1 与 BMS-936559 Fab 形成的复合物。模拟在 310K（即 37°C）条件下进行，模拟时长为 100 ns，并每隔 50 ns 输出一次 PDB 结构文件。数据集由 Stan, Razvan 提交，机构为 Harvard Dataverse，发布时间为 2023 年，来源站为 doi.org。其主题标签涵盖计算机与信息科学、医学健康与生命科学，以及 fever、cancer、immunotherapy、inflammation、PD-L1 等关键词。本站将其归类于肿瘤 / 癌症（总论）方向。

【数据集背景】

PD-L1 是免疫检查点研究中的重要靶点，其与抗体 Fab 片段的复合物结构有助于理解分子识别与结合模式。BMS-936559 是一种靶向 PD-L1 的抗体，5GGT 即为 PD-L1 与该抗体 Fab 形成的复合物结构。该数据集以 5GGT 为起点，通过分子动力学模拟在接近生理温度的条件下考察复合物的动态行为，属于免疫治疗与癌症相关基础研究的数据资源。主题标签中的 immunotherapy、cancer、inflammation 等反映了该数据可能服务的学科语境。

【数据内容】

数据集的核心内容是 PD-L1 与 BMS-936559 Fab 复合物在 310K、37°C 条件下、100 ns 分子动力学模拟过程中产生的结构快照。源站描述指出，PDB 结构每 50 ns 获取一次。因此，数据内容以 PDB 格式的结构文件为主，记录模拟轨迹中特定时间点的原子坐标信息。本站分类为肿瘤 / 癌症（总论），主题标签还包括 Computer and Information Science、Medicine, Health and Life Sciences、fever、cancer、immunotherapy、inflammation、PD-L1。

【采集与来源】

该数据集来源于 doi.org，由作者 Stan, Razvan 提交至 Harvard Dataverse，发布时间为 2023 年。源站描述明确给出了模拟条件与采样方式：5GGT、PD-L1 与 BMS-936559 Fab 复合物、310K、37°C、100 ns，并且每 50 ns 获取一次 PDB 结构。除上述信息外，关于具体模拟软件、力场、溶剂模型、采样算法等细节，源站未提供。

【适用场景】

该数据集可用于与 PD-L1–BMS-936559 Fab 复合物动态结构相关的计算与信息学研究，也可服务于癌症、免疫治疗、炎症等主题下的分子模拟数据再利用。由于主题标签包含 Computer and Information Science，该数据也可能适用于结构数据的处理、分析或方法学测试等场景。具体适用场景的边界与推荐用途，源站未提供。

【使用方法】

源站描述仅说明 PDB 结构每 50 ns 获取一次，未提供具体的使用步骤、文件组织方式、分析流程或软件操作指南。因此，关于如何加载、解析或分析这些 PDB 结构，源站未提供。

【质量与限制】

该数据集明确给出了模拟温度 310K、37°C、模拟时长 100 ns 以及每 50 ns 输出一次 PDB 结构的采样间隔。除此之外，关于模拟的收敛性、重复次数、力场精度、结构质量评估等信息，源站未提供。使用者应注意，100 ns 模拟与 50 ns 采样间隔所对应的构象覆盖范围有限，但该判断属于领域常识，源站未就本数据集的具体质量指标作出说明。

【引用与许可】

作者为 Stan, Razvan，机构为 Harvard Dataverse，来源站为 doi.org，发布时间为 2023 年。关于该数据集的许可协议、引用格式、使用限制或版权声明，源站未提供。