PDB：5DK3 - 帕博利珠单抗全长IgG4抗体晶体结构（313K，40°C，500纳秒）- 随机种子#3：RMSD、SASA、RMSF、Rg
该数据集基于 PDB 5DK3 的 Pembrolizumab 全长 IgG4 抗体晶体结构，在 313K、40°C、500 ns 条件下以随机种子 #3 开展分子动力学模拟，输出 RMSD、SASA、RMSF、Rg 等轨迹分析指标
基本信息
资源简介
PDB：5DK3 - 帕博利珠单抗全长IgG4抗体晶体结构（313K，40°C，500纳秒）- 随机种子#3：RMSD、SASA、RMSF、Rg
该数据集围绕 Pembrolizumab 这一全长 IgG4 抗体展开，其基础结构来自 PDB 条目 5DK3 的晶体结构。在此基础上，数据集记录了在 313K（即 40°C）温度条件下、500 ns 时长范围内、以随机种子 #3 所进行的分子动力学模拟结果，并输出包括 RMSD、SASA、RMSF、Rg 在内的多项轨迹分析指标。数据集由 Stan, Razvan 贡献，机构来源为 Harvard Dataverse，发布时间为 2025 年，主题涵盖医学、健康与生命科学，以及发热、癌症、免疫治疗、炎症和 Pembrolizumab 等标签。本站将其归入肿瘤 / 癌症（总论）分类，源站为 doi.org。
【数据集背景】
Pembrolizumab 是一种全长 IgG4 抗体，在肿瘤免疫治疗领域具有重要地位。该数据集以 PDB 5DK3 的晶体结构为起点，针对该抗体在特定温度与时间尺度下的动态行为进行模拟研究。313K（40°C）的条件设定，以及 500 ns 的模拟时长，为观察抗体结构在接近生理或特定实验温度下的构象变化提供了基础。随机种子 #3 的标注表明该模拟属于一组可重复的随机化实验之一，有助于评估结果的稳健性。数据集的主题标签同时涉及发热、癌症、免疫治疗和炎症，反映出其潜在的应用语境与肿瘤免疫治疗及炎症相关研究密切相关。
【数据内容】
数据集的核心内容为分子动力学模拟输出的轨迹分析指标，具体包括 RMSD、SASA、RMSF 和 Rg。这些指标分别用于描述结构偏差、溶剂可及表面积、残基涨落以及回转半径等结构特征。所有指标均基于 PDB 5DK3 的 Pembrolizumab 全长 IgG4 抗体晶体结构，在 313K、40°C、500 ns 条件下以随机种子 #3 计算得到。数据集的英文名称完整反映了上述信息，即“PDB: 5DK3 - Crystal Structure of Pembrolizumab, a full length IgG4 antibody, (313K, 40°C, 500 ns) - random seed #3: RMSD, SASA, RMSF, Rg”。除这些指标外，源站未提供更细粒度的原始轨迹文件或原子坐标信息。
【采集与来源】
该数据集来源于 doi.org，由作者 Stan, Razvan 贡献，机构为 Harvard Dataverse，发布时间为 2025 年。源站描述与数据集英文名称一致，未提供额外的采集方法、模拟软件、力场参数或计算平台等细节。因此，关于模拟的具体实施环境、软件版本、力场选择以及数据处理流程，源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于与 Pembrolizumab 抗体结构动态相关的分析场景，例如研究该抗体在 313K、40°C 条件下 500 ns 内的结构稳定性、表面暴露程度、残基柔性以及整体紧凑程度。由于主题标签涉及癌症、免疫治疗和炎症，该数据集可能对肿瘤免疫治疗机制探索、抗体药物结构评估以及炎症相关研究具有参考价值。此外，随机种子 #3 的标注也使其可用于比较不同随机种子下模拟结果的差异，但源站未提供其他随机种子的数据，因此该比较需谨慎对待。
【使用方法】
使用者可依据数据集名称中列出的 RMSD、SASA、RMSF、Rg 等指标，对 Pembrolizumab 全长 IgG4 抗体在指定条件下的结构行为进行分析。这些指标通常用于评估模拟轨迹的收敛性、结构偏差、溶剂暴露变化、残基涨落幅度以及整体构象紧凑度。由于源站未提供原始轨迹或具体分析脚本，使用时应以数据集实际提供的文件内容为准。若需复现或扩展分析，需自行获取 PDB 5DK3 结构并按照相同条件（313K、40°C、500 ns、随机种子 #3）进行模拟，但源站未提供模拟参数细节。
【质量与限制】
该数据集基于 PDB 5DK3 晶体结构，并在明确的温度、时长和随机种子条件下生成，具有一定的可追溯性。然而，源站未提供模拟力场、软件、水模型、离子条件、截断参数等关键信息，也未说明轨迹采样频率、平衡判据或统计误差。因此，使用者无法仅凭现有信息全面评估模拟的收敛性与可靠性。此外，数据集仅包含随机种子 #3 的结果，缺乏多随机种子重复，可能限制对构象采样变异性的判断。所有未在源站描述中出现的质量指标、验证结果或局限性说明，均无法从现有信息中获知。
【引用与许可】
该数据集的作者为 Stan, Razvan，机构为 Harvard Dataverse，发布时间为 2025 年，来源站为 doi.org。关于具体的引用格式、许可协议、使用条款或版权声明，源站未提供。使用者应直接访问 doi.org 对应条目以获取准确的引用信息和许可要求。
下载信息
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使用方式
数据集获取
源站：https://doi.org/10.7910/DVN/YKSWXC
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- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据集大小约 26.9 MB。
数据说明
PDB: 5DK3 - Crystal Structure of Pembrolizumab, a full length IgG4 antibody, (313K, 40°C, 500 ns) - random seed #3: RMSD, SASA, RMSF, Rg
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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