PDB：5DK3 - 帕博利珠单抗全长IgG4抗体晶体结构（313K，40°C，500纳秒）- 随机种子#2：RMSD、SASA、RMSF、Rg
可用于免疫治疗相关抗体结构稳定性与构象变化研究，以及癌症、炎症等方向的分子模拟分析（来源 DOI 解析）。本站分类：肿瘤/癌症（总论）
基本信息
资源简介
PDB：5DK3 - 帕博利珠单抗全长IgG4抗体晶体结构（313K，40°C，500纳秒）- 随机种子#2：RMSD、SASA、RMSF、Rg
本数据集为 PDB 条目 5DK3 所对应的 Pembrolizumab 全长度 IgG4 抗体晶体结构相关分子模拟数据，英文全称为 PDB: 5DK3 - Crystal Structure of Pembrolizumab, a full length IgG4 antibody, (313K, 40°C, 500 ns) - random seed #2: RMSD, SASA, RMSF, Rg。数据由作者 Stan, Razvan 发布，机构为 Harvard Dataverse，发布时间为 2025 年，来源站为 doi.org。该数据集围绕 Pembrolizumab 这一免疫治疗相关抗体，在 313K、40°C、500 ns 及随机种子 #2 的条件下，提供 RMSD、SASA、RMSF、Rg 等分子模拟指标，可用于抗体结构稳定性与构象变化研究，并服务于癌症、炎症等方向的分子模拟分析。
【数据集背景】
Pembrolizumab 是一种全长度 IgG4 抗体，在肿瘤免疫治疗领域具有重要地位。本数据集以 PDB 条目 5DK3 的晶体结构为基础，围绕该抗体在特定温度与时间尺度下的分子动力学行为展开。其主题标签涵盖 Medicine、Health and Life Sciences，以及 fever、cancer、immunotherapy、inflammation、Pembrolizumab，体现出该数据与免疫治疗、肿瘤、炎症及发热等相关研究方向的关联。本站将其归类为肿瘤 / 癌症（总论），说明其适用领域集中在肿瘤与癌症的总体研究范畴。
【数据内容】
数据集的核心内容为 Pembrolizumab 全长度 IgG4 抗体在 313K、40°C、500 ns 模拟条件下、随机种子 #2 所产生的 RMSD、SASA、RMSF、Rg 数据。这些指标分别用于描述分子模拟过程中结构偏差、溶剂可及表面积、残基涨落以及回转半径等构象特征。数据名称中明确标注了温度、时间尺度与随机种子，表明其属于特定模拟条件下的轨迹分析结果。除上述指标与条件外，源站未提供更细粒度的数据字段说明。
【采集与来源】
该数据集来源站为 doi.org，作者为 Stan, Razvan，发布机构为 Harvard Dataverse，发布时间为 2025 年。其源站描述与数据集英文名一致，均指向 PDB: 5DK3 的 Pembrolizumab 全长度 IgG4 抗体晶体结构，以及在 313K、40°C、500 ns、随机种子 #2 条件下的 RMSD、SASA、RMSF、Rg 数据。关于具体的采集设备、模拟软件、力场参数、采样策略等，源站未提供。
【适用场景】
根据侧写线索，该数据集可用于免疫治疗相关抗体结构稳定性与构象变化研究，以及癌症、炎症等方向的分子模拟分析。结合其主题标签，其潜在应用方向包括肿瘤免疫治疗中抗体分子的结构行为研究、炎症相关机制探索，以及发热等相关生理条件下的分子模拟分析。本站分类为肿瘤 / 癌症（总论），进一步表明其适用于肿瘤与癌症领域的总体性研究。除上述方向外，源站未提供其他具体适用场景。
【使用方法】
该数据集以 RMSD、SASA、RMSF、Rg 等分子模拟指标形式提供，使用者可结合 PDB 条目 5DK3 的 Pembrolizumab 全长度 IgG4 抗体晶体结构，对 313K、40°C、500 ns、随机种子 #2 条件下的模拟轨迹进行分析。具体的数据格式、文件组织方式、读取工具与处理流程，源站未提供。
【质量与限制】
该数据集明确标注了模拟温度、时间尺度与随机种子，说明其结果为特定条件下的单次模拟输出。由于仅涉及随机种子 #2，未提供其他随机种子的重复结果，因此在使用时需注意其条件特异性。关于数据的完整性、误差范围、验证方式及潜在偏差，源站未提供。
【引用与许可】
该数据集的作者为 Stan, Razvan，发布机构为 Harvard Dataverse，发布时间为 2025 年，来源站为 doi.org。关于具体的引用格式、许可协议类型及使用限制，源站未提供。
下载信息
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暂未开放公开下载
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提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
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使用方式
数据集获取
源站：https://doi.org/10.7910/DVN/TLX3NN
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据集大小约 26.9 MB。
数据说明
PDB: 5DK3 - Crystal Structure of Pembrolizumab, a full length IgG4 antibody, (313K, 40°C, 500 ns) - random seed #2: RMSD, SASA, RMSF, Rg
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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