PDB：5DK3 - 帕博利珠单抗全长IgG4抗体晶体结构（311.5K，38.5°C，500纳秒）- 随机种子#2：RMSD、SASA、RMSF、Rg
本数据集基于 PDB 5DK3 的 Pembrolizumab 全长 IgG4 抗体晶体结构，在 311.5K、38.5°C 条件下开展 500 ns 分子动力学模拟，采用随机种子 #2，输出 RMSD、SASA、RMSF、Rg 等轨迹分析指标
基本信息
资源简介
PDB：5DK3 - 帕博利珠单抗全长IgG4抗体晶体结构（311.5K，38.5°C，500纳秒）- 随机种子#2：RMSD、SASA、RMSF、Rg
本数据集围绕 Pembrolizumab（帕博利珠单抗）全长 IgG4 抗体的晶体结构展开，对应蛋白质数据库条目 PDB: 5DK3。数据在 311.5K（约 38.5°C）条件下进行了时长 500 ns 的分子动力学模拟，并采用随机种子 #2 生成轨迹，输出包括 RMSD、SASA、RMSF、Rg 在内的多项结构分析指标。该数据集属于肿瘤 / 癌症（总论）分类，由作者 Stan, Razvan 提交至 Harvard Dataverse，发布时间为 2025 年，主题标签涵盖医学、健康与生命科学，以及 fever、cancer、immunotherapy、inflammation、Pembrolizumab 等关键词。整体而言，这是一份面向抗体结构与动力学行为研究的模拟轨迹衍生数据资源。
【数据集背景】
Pembrolizumab 是一种全长 IgG4 抗体，在肿瘤免疫治疗领域具有重要地位。其晶体结构以 PDB: 5DK3 条目形式公开，为研究该抗体的分子构象提供了实验结构基础。本数据集正是在该晶体结构基础上，通过分子动力学模拟手段，进一步探索其在特定温度条件下的动态行为。模拟温度设定为 311.5K，约合 38.5°C，这一温度条件与发热（fever）相关主题标签相呼应，提示该数据集可能用于考察温度对抗体构象稳定性的影响。数据集所属分类为肿瘤 / 癌症（总论），主题标签同时包含 immunotherapy 与 inflammation，说明其应用语境与免疫治疗及炎症反应研究密切相关。
【数据内容】
本数据集的核心内容为分子动力学模拟轨迹分析结果，具体包括四类指标：RMSD（均方根偏差）、SASA（溶剂可及表面积）、RMSF（均方根涨落）以及 Rg（回转半径）。这些指标分别用于刻画模拟过程中抗体结构的整体偏差、表面暴露程度、残基柔性以及分子紧凑程度。模拟时长为 500 ns，采用随机种子 #2 进行初始化，以保证轨迹的可重复性。数据以 PDB: 5DK3 的 Pembrolizumab 全长 IgG4 抗体晶体结构为起点，属于结构生物学与计算生物学交叉的衍生数据。
【采集与来源】
数据来源站为 doi.org，作者为 Stan, Razvan，机构为 Harvard Dataverse，发布时间为 2025 年。源站描述与数据集英文名一致，均指向 PDB: 5DK3 结构在 311.5K、38.5°C、500 ns 及随机种子 #2 条件下的 RMSD、SASA、RMSF、Rg 分析。除上述信息外，源站未提供更详细的采集设备、模拟软件或参数配置说明。
【适用场景】
该数据集适用于抗体结构与动力学研究，尤其是针对 Pembrolizumab 全长 IgG4 抗体在不同温度条件下的构象稳定性分析。结合主题标签中的 cancer、immunotherapy 与 inflammation，其潜在应用场景包括肿瘤免疫治疗相关的抗体工程研究、发热条件下抗体行为评估，以及炎症微环境中抗体结构变化的探索。此外，RMSD、SASA、RMSF、Rg 等指标可用于比较不同随机种子或不同模拟条件下的轨迹差异。
【使用方法】
使用者可将本数据集中的 RMSD、SASA、RMSF、Rg 指标用于分析 Pembrolizumab 在 311.5K、38.5°C、500 ns 模拟过程中的结构演变。由于采用随机种子 #2，该轨迹可作为重复性验证或与其他随机种子结果对照的参考。具体分析流程、文件格式及读取方式，源站未提供。
【质量与限制】
本数据集基于 PDB: 5DK3 晶体结构开展 500 ns 分子动力学模拟，采用随机种子 #2，输出 RMSD、SASA、RMSF、Rg 指标。其质量与限制的详细评估信息，源站未提供。使用者应注意，模拟条件为 311.5K、38.5°C，该温度可能影响抗体构象行为，但具体影响程度需结合数据自行判断。
【引用与许可】
作者为 Stan, Razvan，机构为 Harvard Dataverse，发布时间为 2025 年，来源站为 doi.org。许可信息源站未提供。
下载信息
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使用方式
数据集获取
源站：https://doi.org/10.7910/DVN/7QFC0B
标准获取流程：
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- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据集大小约 27.7 MB。
数据说明
PDB: 5DK3 - Crystal Structure of Pembrolizumab, a full length IgG4 antibody, (311.5K, 38.5°C, 500 ns) - random seed #2: RMSD, SASA, RMSF, Rg
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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