帕博利珠单抗全长IgG4抗体晶体结构分子动力学模拟数据集
可用于抗体结构稳定性与构象变化的分析，服务于癌症免疫治疗相关研究（来源 DOI 解析）。本站分类：肿瘤/癌症（总论）。本数据集为肿瘤领域公开数据集，由Harvard Dataverse提供，主题涵盖Medicine, Health and Life Sciences。
基本信息
资源简介
帕博利珠单抗全长IgG4抗体晶体结构分子动力学模拟数据集
本数据集围绕PDB编号5DK3的Pembrolizumab全长度IgG4抗体晶体结构展开，记录了在310K（约37°C）、500纳秒模拟时长条件下、随机种子#3所获得的一组分子动力学相关指标，包括RMSD、SASA、RMSF与Rg。Pembrolizumab是一种与癌症免疫治疗密切相关的抗体分子，因此该数据集在主题上归属于肿瘤与癌症总论方向，同时涉及医学、健康与生命科学领域。数据集由Harvard Dataverse提供，作者为Stan, Razvan，发布时间为2025年，来源站为doi.org。整体而言，该数据集可用于观察抗体结构在特定温度与时间尺度下的稳定性与构象变化，为癌症免疫治疗相关研究提供结构层面的参考信息。
【数据集背景】
该数据集以Pembrolizumab为研究对象。Pembrolizumab是一种全长度IgG4抗体，其晶体结构对应PDB编号5DK3。抗体类分子在免疫治疗中具有重要地位，而理解其结构稳定性与构象行为，有助于从分子层面认识其功能表现。数据集的主题标签涵盖Medicine, Health and Life Sciences，并包含fever、cancer、immunotherapy、inflammation、Pembrolizumab等关键词，说明其应用语境与癌症、免疫治疗及炎症等方向相关。本站将其归类为肿瘤/癌症（总论），表明该数据集面向肿瘤领域的公开研究使用。数据集由Harvard Dataverse提供，作者为Stan, Razvan，发布时间为2025年。
【数据内容】
数据集名称中明确列出了所包含的指标类型：RMSD、SASA、RMSF、Rg。这些指标通常用于描述分子动力学模拟过程中结构偏离程度、溶剂可及表面积、残基涨落以及回转半径等结构特征。数据集名称同时给出了模拟条件：310K、37°C、500 ns，以及随机种子#3。上述信息表明，该数据集记录的是在特定温度与模拟时长下，针对Pembrolizumab全长度IgG4抗体晶体结构所获得的一组结构分析指标。除名称中列出的RMSD、SASA、RMSF、Rg以及温度、时长和随机种子外，源站未提供更细粒度的数据内容说明。
【采集与来源】
该数据集的来源站为doi.org，来源站描述与数据集英文名一致，均为“PDB: 5DK3 - Crystal Structure of Pembrolizumab, a full length IgG4 antibody, (310K, 37°C, 500 ns) - random seed #3: RMSD, SASA, RMSF, Rg”。数据集由Harvard Dataverse提供，作者为Stan, Razvan，发布时间为2025年。关于具体的采集方法、模拟软件、力场参数、数据处理流程等，源站未提供。
【适用场景】
根据侧写线索，该数据集可用于抗体结构稳定性与构象变化的分析，服务于癌症免疫治疗相关研究。结合其主题标签，该数据集适用于肿瘤/癌症总论方向，也可供关注免疫治疗、炎症及Pembrolizumab结构行为的研究者参考。其指标类型RMSD、SASA、RMSF、Rg可用于观察抗体在310K、37°C、500 ns条件下的结构波动与整体构象特征。除此之外的具体应用场景，源站未提供。
【使用方法】
数据集名称中已标明随机种子#3，并列出RMSD、SASA、RMSF、Rg等指标，使用者可据此围绕Pembrolizumab全长度IgG4抗体晶体结构在310K、37°C、500 ns条件下的结构稳定性与构象变化进行分析。关于文件格式、数据组织方式、读取工具、分析步骤等，源站未提供。
【质量与限制】
该数据集仅对应随机种子#3，模拟条件为310K、37°C、500 ns。关于数据质量评估、误差范围、重复性验证、其他随机种子的对比结果等，源站未提供。使用者应注意，该数据集名称所限定的条件与指标范围之外的信息，源站未提供，不宜作过度推断。
【引用与许可】
该数据集作者为Stan, Razvan，由Harvard Dataverse提供，发布时间为2025年，来源站为doi.org。关于具体引用格式、许可条款、使用限制等，源站未提供。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://doi.org/10.7910/DVN/5L4SVH
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据集大小约 26.9 MB。
数据说明
PDB: 5DK3 - Crystal Structure of Pembrolizumab, a full length IgG4 antibody, (310K, 37°C, 500 ns) - random seed #3: RMSD, SASA, RMSF, Rg
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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