帕博利珠单抗全长IgG4抗体晶体结构310K 37°C 500纳秒随机种子2的RMSD SASA RMSF Rg数据集
该数据集基于 PDB 5DK3 的 Pembrolizumab 全长 IgG4 抗体晶体结构，在 310K、37°C 条件下进行 500 ns 分子动力学模拟，随机种子为 #2，记录 RMSD、SASA、RMSF、Rg 等轨迹指标
基本信息
资源简介
帕博利珠单抗全长IgG4抗体晶体结构310K 37°C 500纳秒随机种子2的RMSD SASA RMSF Rg数据集
该数据集围绕 Pembrolizumab 这一全长 IgG4 抗体的晶体结构展开，对应 PDB 条目 5DK3。数据记录了在 310K、37°C 条件下开展的 500 ns 分子动力学模拟结果，模拟使用随机种子 #2，并输出 RMSD、SASA、RMSF、Rg 等轨迹指标。Pembrolizumab 是一种与肿瘤免疫治疗相关的抗体，因此该数据集在肿瘤、癌症总论分类下具有参考价值。数据由 PCD、Thermo 提供，机构为 Harvard Dataverse，发布时间为 2025 年，来源站为 doi.org。整体来看，该数据集适合用于观察抗体结构在接近生理温度条件下的动态行为，并为相关免疫治疗研究提供结构模拟层面的数据支持。
【数据集背景】
Pembrolizumab 是一种全长 IgG4 抗体，其晶体结构对应 PDB 条目 5DK3。该数据集以这一结构为基础，关注其在 310K、37°C 条件下的分子动力学行为。主题标签涵盖 Medicine、Health and Life Sciences，以及 fever、cancer、immunotherapy、inflammation、Pembrolizumab，说明其背景与肿瘤免疫治疗、炎症和发热等相关医学与生命科学议题存在关联。本站分类为肿瘤 / 癌症（总论），进一步表明该数据可用于癌症相关研究场景。来源站为 doi.org，机构为 Harvard Dataverse，作者为 PCD、Thermo，发布时间为 2025 年。
【数据内容】
数据内容为基于 PDB 5DK3 的 Pembrolizumab 全长 IgG4 抗体晶体结构所进行的分子动力学模拟轨迹指标，具体包括 RMSD、SASA、RMSF、Rg。模拟条件为 310K、37°C，时长为 500 ns，随机种子为 #2。这些指标分别用于描述结构偏差、溶剂可及表面积、残基涨落以及回转半径等轨迹特征。除上述指标与模拟条件外，源站未提供更多关于原子坐标、拓扑文件或原始轨迹文件的信息。
【采集与来源】
该数据集的来源站为 doi.org，机构为 Harvard Dataverse，作者为 PCD、Thermo，发布时间为 2025 年。数据集英文名称中包含 PDB: 5DK3、Pembrolizumab、full length IgG4 antibody、310K、37°C、500 ns、random seed #2 以及 RMSD、SASA、RMSF、Rg 等关键信息。除这些来源与标识信息外，源站未提供具体的采集设备、模拟软件、力场参数或数据处理流程。
【适用场景】
该数据集适用于与 Pembrolizumab 结构动态相关的分析场景，尤其是在 310K、37°C 条件下考察全长 IgG4 抗体的构象变化。由于主题标签涉及 cancer、immunotherapy、inflammation 和 fever，其潜在应用方向包括肿瘤免疫治疗研究、抗体结构稳定性分析以及与炎症、发热相关的机制探讨。本站分类为肿瘤 / 癌症（总论），因此也可作为癌症总论背景下抗体结构模拟的参考数据。除上述场景外，源站未提供更具体的适用建议。
【使用方法】
该数据集提供 RMSD、SASA、RMSF、Rg 等轨迹指标，可用于分析 Pembrolizumab 全长 IgG4 抗体在 500 ns 模拟过程中的结构偏差、溶剂暴露程度、残基涨落和整体紧凑程度。使用时可结合随机种子 #2、310K、37°C 等条件进行结果复现或对比。由于数据基于 PDB 5DK3 晶体结构，使用时应明确其结构起点。除这些指标与条件外，源站未提供具体的软件操作步骤、脚本或分析流程。
【质量与限制】
该数据集明确给出了模拟温度 310K、37°C、模拟时长 500 ns 以及随机种子 #2，并包含 RMSD、SASA、RMSF、Rg 等指标，具备一定的可追溯性。但其限制在于，当前信息仅覆盖单一随机种子下的模拟结果，且源站未提供力场、溶剂模型、平衡策略、重复次数或统计不确定性等信息。因此，在解释结构动态特征时需注意这些未提供项可能带来的影响。除上述内容外，源站未提供更多质量评估或限制说明。
【引用与许可】
该数据集作者为 PCD、Thermo，机构为 Harvard Dataverse，发布时间为 2025 年，来源站为 doi.org。引用时应依据来源站 doi.org 及 Harvard Dataverse 的相关要求进行标注。除这些信息外，源站未提供具体许可条款、使用限制或授权方式。
下载信息
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暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
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提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://doi.org/10.7910/DVN/4ML76G
标准获取流程：
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- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据集大小约 27.7 MB。
数据说明
PDB: 5DK3 - Crystal Structure of Pembrolizumab, a full length IgG4 antibody, (310K, 37°C, 500 ns) - random seed #2: RMSD, SASA, RMSF, Rg
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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