PDB：5DK3 - 帕博利珠单抗全长IgG4抗体晶体结构（298K，25°C，500纳秒）- 随机种子#2：RMSD、SASA、RMSF、Rg
主题涉及医学、健康与生命科学、发热、癌症、免疫治疗、炎症及 Pembrolizumab。可用于肿瘤免疫治疗相关研究，支持抗体结构稳定性与动态特征分析（来源 DOI 解析）
基本信息
资源简介
PDB：5DK3 - 帕博利珠单抗全长IgG4抗体晶体结构（298K，25°C，500纳秒）- 随机种子#2：RMSD、SASA、RMSF、Rg
本数据集围绕 Pembrolizumab（帕博利珠单抗）这一全长度 IgG4 抗体的晶体结构展开，对应 PDB 编号 5DK3。数据在 298K（25°C）条件下生成，模拟时长为 500 ns，采用随机种子 #2，并记录了 RMSD、SASA、RMSF、Rg 等结构动态指标。该数据集在站内归入肿瘤 / 癌症（总论）分类，来源站为 doi.org，作者为 Razvan, Stan，机构为 Harvard Dataverse，发布时间为 2025 年。主题标签涵盖医学、健康与生命科学、发热、癌症、免疫治疗、炎症以及 Pembrolizumab。整体而言，该数据集可用于肿瘤免疫治疗相关研究，支持抗体结构稳定性与动态特征分析。
【数据集背景】
Pembrolizumab 是一种全长度 IgG4 抗体，在肿瘤免疫治疗领域具有重要地位。其晶体结构信息对于理解抗体分子的空间构象、结构稳定性以及动态行为具有基础性意义。本数据集以 PDB 编号 5DK3 的晶体结构为对象，在 298K（25°C）条件下开展 500 ns 的模拟，并采用随机种子 #2 生成轨迹数据。该数据集的主题标签包括医学、健康与生命科学、发热、癌症、免疫治疗、炎症及 Pembrolizumab，表明其研究背景与肿瘤免疫治疗、炎症及发热等相关医学议题存在关联。站内分类将其归入肿瘤 / 癌症（总论），进一步说明该数据集服务于肿瘤学与癌症研究的总论性需求。
【数据内容】
本数据集记录的核心指标包括 RMSD、SASA、RMSF 和 Rg。这些指标用于刻画 Pembrolizumab 全长度 IgG4 抗体在 298K（25°C）、500 ns 模拟过程中的结构稳定性与动态特征。其中，RMSD 通常用于衡量结构偏离参考构象的程度，SASA 反映溶剂可及表面积，RMSF 用于描述残基层面的波动情况，Rg 则表征回转半径。数据集名称中明确标注了随机种子 #2，说明该次模拟采用了特定的随机种子设置。除上述指标与条件外，源站未提供更多关于数据文件格式、原子数量、残基范围或具体数值结果的信息。
【采集与来源】
该数据集来源于 doi.org，作者为 Razvan, Stan，所属机构为 Harvard Dataverse，发布时间为 2025 年。源站描述与数据集英文名一致，均指向 PDB: 5DK3 - Crystal Structure of Pembrolizumab, a full length IgG4 antibody, (298K, 25°C, 500 ns) - random seed #2: RMSD, SASA, RMSF, Rg。关于具体的采集设备、模拟软件、力场参数、数据处理流程等细节，源站未提供。
【适用场景】
该数据集可用于肿瘤免疫治疗相关研究，支持抗体结构稳定性与动态特征分析。具体而言，RMSD、SASA、RMSF 和 Rg 等指标可用于考察 Pembrolizumab 在 298K（25°C）、500 ns 模拟条件下的结构行为。主题标签中的癌症、免疫治疗、炎症、发热等关键词提示该数据集可能适用于与肿瘤免疫治疗机制、抗体药物结构评估以及炎症相关医学研究等方向。站内分类为肿瘤 / 癌症（总论），说明其适用范围偏向肿瘤学与癌症研究的总论性场景。
【使用方法】
源站未提供具体的使用方法说明。数据集名称中标注了随机种子 #2，并列出 RMSD、SASA、RMSF、Rg 等指标，使用者可据此识别该数据集对应的模拟条件与输出指标类型。关于如何加载、解析或复现该数据集，源站未提供。
【质量与限制】
该数据集在 298K（25°C）条件下生成，模拟时长为 500 ns，采用随机种子 #2。由于仅标注了单次随机种子，且源站未提供重复模拟、收敛性评估或验证信息，其统计稳健性与可重复性范围尚不明确。此外，源站未提供数据完整性、精度、误差范围或缺失情况等信息。因此，该数据集的质量与限制需结合源站进一步确认，当前可依据的信息仅限于上述条件与指标。
【引用与许可】
该数据集的作者为 Razvan, Stan，机构为 Harvard Dataverse，发布时间为 2025 年，来源站为 doi.org。关于具体的引用格式、许可条款、使用限制或版权声明，源站未提供。
下载信息
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暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
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公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://doi.org/10.7910/DVN/DDLPLU
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据集大小约 26.9 MB。
数据说明
PDB: 5DK3 - Crystal Structure of Pembrolizumab, a full length IgG4 antibody, (298K, 25°C, 500 ns) - random seed #2: RMSD, SASA, RMSF, Rg
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
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