PDB: 4ZQK，PD-1 与其配体 PD-L1（313K，40°C，200 ns）：随机种子 #3

资源简介

PDB: 4ZQK，PD-1 与其配体 PD-L1（313K，40°C，200 ns）：随机种子 #3

该数据集围绕免疫检查点蛋白 PD-1 与其配体 PD-L1 的复合物结构展开，标识为 PDB: 4ZQK，模拟条件为 313K、40°C、200 ns，并采用随机种子 #3 进行重复采样。数据由作者 Stan, Razvan 提交至 Harvard Dataverse，发布时间为 2023 年，来源站为 doi.org。其主题标签涵盖计算机与信息科学、医学健康与生命科学，以及发热、癌症、免疫治疗、PD-1、炎症等方向，本站将其归入肿瘤 / 癌症（总论）分类。该数据集可用于观察 PD-1/PD-L1 复合物在特定温度与时间尺度下的构象变化，为免疫治疗相关研究提供结构层面的参考素材。

【数据集背景】

PD-1 及其配体 PD-L1 是免疫检查点研究中的关键分子对，其相互作用在肿瘤免疫逃逸与免疫治疗中受到广泛关注。该数据集以 PDB 4ZQK 结构为基础，在 313K（即 40°C）条件下进行 200 ns 的分子动力学模拟，并采用随机种子 #3 生成轨迹。源站描述指出，该模拟每 50 ns 提取一次 PDB 结构。主题标签中的“fever”“inflammation”“cancer”“immunotherapy”提示该数据可能用于探讨发热或炎症条件下 PD-1/PD-L1 复合物的行为变化，但具体研究结论源站未提供。

【数据内容】

数据集的核心内容为 PD-1 与 PD-L1 复合物在 313K、40°C、200 ns 模拟条件下的结构轨迹，随机种子为 #3。源站描述明确说明“PDBs taken every 50 ns”，即每 50 ns 抽取一次 PDB 文件。因此，在 200 ns 的模拟时间内，可预期获得多个时间点的结构快照，但具体文件数量、格式细节及原子坐标信息源站未提供。数据集主题标签涉及计算机与信息科学、医学健康与生命科学，表明其兼具计算模拟与生物医学研究的双重属性。

【采集与来源】

该数据集来源于 doi.org，由作者 Stan, Razvan 提交至 Harvard Dataverse，发布时间为 2023 年。源站标题与数据集英文名一致，均为“PDB: 4ZQK, PD-1 and its ligand PD-L1 (313K, 40°C, 200 ns): random seed #3”。源站描述进一步说明该数据基于 PDB 4ZQK 结构，在 313K、40°C 条件下进行 200 ns 模拟，并每 50 ns 提取一次 PDB 结构。除上述信息外，具体的模拟软件、力场参数、溶剂模型及采集设备等细节源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于免疫检查点相关的基础研究，尤其是 PD-1/PD-L1 复合物在不同温度条件下的构象分析。主题标签中的“cancer”“immunotherapy”表明其可服务于肿瘤免疫治疗领域的机制探索；“fever”“inflammation”则提示其可能用于研究发热或炎症状态对 PD-1/PD-L1 相互作用的影响。此外，标签中的“Computer and Information Science”说明该数据也可用于分子动力学模拟方法、轨迹分析或结构生物信息学工具的开发与验证。具体应用场景需结合源站描述及后续研究设计确定。

【使用方法】

使用者可依据源站描述，获取每 50 ns 抽取一次的 PDB 结构文件，用于分析 PD-1/PD-L1 复合物在 200 ns 模拟过程中的构象变化。由于数据集采用随机种子 #3，使用者可将其作为重复性验证的参考之一。若需与其他随机种子或温度条件的数据进行对比，应另行获取相应数据集。具体的文件组织方式、下载路径及分析工具源站未提供，建议直接访问 doi.org 对应页面获取原始数据与说明。

【质量与限制】

该数据集基于 PDB 4ZQK 结构，在 313K、40°C、200 ns 条件下模拟，并每 50 ns 提取一次 PDB 文件，随机种子为 #3。这些参数为数据提供了明确的模拟条件与采样间隔。然而，源站未提供模拟力场、溶剂条件、体系大小、重复次数及验证方法等关键质量信息，也未说明数据是否经过实验验证。此外，200 ns 的模拟时间对于某些构象变化可能仍有限，使用者需结合具体研究问题评估其适用性。所有未在源站描述中提及的质量指标与限制，此处均不进行推测。

【引用与许可】

该数据集的作者为 Stan, Razvan，机构为 Harvard Dataverse，发布时间为 2023 年，来源站为 doi.org。引用时应依据源站提供的引用格式，标注数据集英文名“PDB: 4ZQK, PD-1 and its ligand PD-L1 (313K, 40°C, 200 ns): random seed #3”及作者信息。关于许可协议、使用条款及再分发限制，源站未提供，建议访问 doi.org 对应页面查阅具体许可声明。