PDB: 4ZQK，PD-1 与其配体 PD-L1（312K，39°C，200 ns）：随机种子 #3

资源简介

PDB: 4ZQK，PD-1 与其配体 PD-L1（312K，39°C，200 ns）：随机种子 #3

该数据集英文名为 PDB: 4ZQK, PD-1 and its ligand PD-L1 (312K, 39°C, 200 ns): random seed #3，由作者 Stan, Razvan 发布，机构为 Harvard Dataverse，发布时间为 2023 年。数据集主题标签涵盖计算机与信息科学、医学、健康与生命科学，以及 fever、cancer、immunotherapy、PD-1、inflammation 等关键词。本站将其归类为肿瘤 / 癌症（总论）。从源站描述可知，该数据集记录的是 PD-1 与其配体 PD-L1 的复合物在 312K、39°C 条件下、200 ns 的模拟结果，对应随机种子 #3，并且每 50 ns 获取一次 PDB 结构。整体而言，这是一份面向肿瘤免疫相关分子模拟研究的数据资源，可用于观察 PD-1/PD-L1 复合物在特定温度与时间尺度下的结构变化。

【数据集背景】

该数据集围绕 PD-1 及其配体 PD-L1 的复合物展开。PD-1 与 PD-L1 是免疫检查点相关的重要分子，在肿瘤免疫治疗研究中受到广泛关注。数据集的主题标签中包含 cancer、immunotherapy、PD-1、inflammation 以及 fever，说明其背景与肿瘤、免疫治疗和炎症反应等方向相关。本站分类为肿瘤 / 癌症（总论），进一步表明该数据可用于肿瘤与癌症领域的总体性研究。源站标题和描述均强调该数据来自 PDB: 4ZQK 结构，并在 312K、39°C 条件下进行 200 ns 的模拟，随机种子为 #3。作者为 Stan, Razvan，机构为 Harvard Dataverse，发布时间为 2023 年。

【数据内容】

数据内容为 PD-1 与其配体 PD-L1 复合物在 312K、39°C、200 ns 条件下的模拟轨迹所对应的 PDB 结构文件。源站描述指出，PDB 文件每 50 ns 获取一次，因此可推断该数据集包含沿 200 ns 时间进程按 50 ns 间隔提取的结构快照。数据集名称中标注了随机种子 #3，表明该模拟结果对应特定的随机种子设置。除此之外，源站未提供关于文件数量、文件大小、原子数、具体构象变化或结合界面细节的更多信息。

【采集与来源】

该数据集来源站为 doi.org，机构为 Harvard Dataverse，作者为 Stan, Razvan，发布时间为 2023 年。源站标题与数据集英文名一致，均为 PDB: 4ZQK, PD-1 and its ligand PD-L1 (312K, 39°C, 200 ns): random seed #3。源站描述说明该数据为 PD-1 与 PD-L1 复合物在 312K、39°C、200 ns 条件下的模拟结果，随机种子为 #3，并且每 50 ns 获取一次 PDB 结构。关于具体的模拟软件、力场、溶剂模型、系统构建方法、采样策略或数据处理流程，源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于与 PD-1/PD-L1 复合物相关的分子模拟研究，尤其是关注 312K、39°C 条件下 200 ns 时间尺度结构变化的工作。由于主题标签涉及 cancer、immunotherapy、PD-1、inflammation 和 fever，该数据可能用于肿瘤免疫、免疫检查点以及炎症或发热相关背景下的结构分析。本站分类为肿瘤 / 癌症（总论），因此也可作为肿瘤与癌症总体研究中的参考数据。关于该数据集是否适用于药物设计、抗体开发、临床决策或特定疾病亚型研究，源站未提供明确说明。

【使用方法】

该数据集以 PDB 文件形式提供，源站描述指出每 50 ns 获取一次 PDB 结构。使用者可依据这些 PDB 文件进行结构观察、构象分析或与其他模拟数据进行比较。由于数据集名称中标注了随机种子 #3，使用时可将其视为特定随机种子下的模拟结果。关于具体的分析工具、可视化软件、轨迹处理方法、统计指标或复现步骤，源站未提供。

【质量与限制】

该数据集明确给出了模拟温度 312K、39°C、时间长度 200 ns 以及随机种子 #3，并说明每 50 ns 获取一次 PDB 结构。这些信息有助于理解数据的采集条件。但源站未提供关于模拟收敛性、重复次数、力场选择、系统尺寸、边界条件、误差评估或验证结果的详细信息。因此，在使用该数据集时，应仅依据已提供的条件进行解读，不宜推断其模拟精度或普适性。关于数据是否经过同行评审、是否包含原始轨迹、是否存在缺失文件或版本更新，源站未提供。

【引用与许可】

该数据集的作者为 Stan, Razvan，机构为 Harvard Dataverse，发布时间为 2023 年，来源站为 doi.org。源站标题为 PDB: 4ZQK, PD-1 and its ligand PD-L1 (312K, 39°C, 200 ns): random seed #3。关于该数据集的具体引用格式、许可协议、使用限制、版权归属或商业使用条件，源站未提供。