PDB: 4ZQK，PD-1 与其配体 PD-L1（312K，39°C，200 ns）：随机种子 #2
数据内容为人类 programmed death-1（PD-1）与其配体 PD-L1 的复合物在 312K、39°C、200 ns 条件下的分子动力学模拟结果，使用随机种子 #2，每 50 ns 提取一次 PDB 结构
基本信息
资源简介
PDB: 4ZQK，PD-1 与其配体 PD-L1（312K，39°C，200 ns）：随机种子 #2
本数据集为人类程序性死亡受体-1（PD-1）与其配体 PD-L1 复合物的分子动力学模拟结果，模拟条件为 312K（约 39°C）、时长 200 ns，采用随机种子 #2 运行，并每隔 50 ns 提取一次 PDB 结构。该数据由作者 Razvan Stan 发布，机构为 Harvard Dataverse，发布年份为 2023，来源站为 doi.org。数据集在站内归类于肿瘤 / 癌症（总论），主题标签涵盖计算机与信息科学、医学健康与生命科学、发热、癌症、免疫治疗、PD-1 与炎症等方向。整体而言，该数据面向 PD-1/PD-L1 相互作用及免疫治疗相关研究，提供特定温度与时间尺度下的复合物构象采样结果。
【数据集背景】
PD-1 与 PD-L1 是免疫检查点通路中的重要分子，其相互作用在肿瘤免疫逃逸与免疫治疗中受到广泛关注。本数据集聚焦于人类 PD-1 与其配体 PD-L1 形成的复合物，在 312K、39°C 条件下开展分子动力学模拟，旨在提供该复合物在特定温度环境下的动态结构信息。数据集的主题标签包含 fever、cancer、immunotherapy、PD-1、inflammation 等，提示其可能用于探讨发热状态、炎症与肿瘤免疫治疗之间的结构基础。该数据由 Harvard Dataverse 发布，作者为 Razvan Stan，发布时间为 2023 年。
【数据内容】
数据内容为人类 programmed death-1（PD-1）与其配体 PD-L1 的复合物在 312K、39°C、200 ns 条件下的分子动力学模拟结果，使用随机种子 #2，每 50 ns 提取一次 PDB 结构。数据集英文名称为“PDB: 4ZQK, PD-1 and its ligand PD-L1 (312K, 39°C, 200 ns): random seed #2”。源站描述进一步说明，该数据对应人类 PD-1 与 PD-L1 复合物在 312K、39°C、200 ns 条件下的模拟，随机种子为 #2，并且每 50 ns 获取一次 PDB 结构。除上述信息外，源站未提供关于原子数、模拟力场、溶剂模型、轨迹文件格式或结构具体构象变化等更多细节。
【采集与来源】
该数据集来源于 doi.org，发布机构为 Harvard Dataverse，作者为 Razvan Stan，发布年份为 2023。数据通过分子动力学模拟生成，模拟温度设定为 312K，对应约 39°C，模拟总时长为 200 ns，随机种子为 #2。结构提取方式为每 50 ns 输出一次 PDB 结构。除这些信息外，源站未提供关于具体计算平台、软件版本、模拟参数设置或数据采集流程的更多说明。
【适用场景】
该数据集可用于与 PD-1/PD-L1 复合物结构动态相关的计算与信息科学研究，也可服务于肿瘤、癌症总论、免疫治疗、炎症及发热等主题下的探索性分析。由于数据提供了 312K、39°C 条件下 200 ns 模拟过程中每 50 ns 的 PDB 结构，其潜在用途包括观察复合物在特定温度下的构象采样、比较不同时间点的结构变化，以及作为免疫检查点相关分子模拟研究的参考数据。主题标签中的 Computer and Information Science 提示该数据也可能用于方法学、数据处理或结构信息学相关场景。除上述方向外，源站未提供关于具体应用案例或验证结论的信息。
【使用方法】
使用者可依据数据集名称与源站描述，获取在 312K、39°C、200 ns 条件下、随机种子 #2 的模拟所输出的 PDB 结构，这些结构每隔 50 ns 提取一次。由于数据以 PDB 结构形式提供，使用者可将其用于结构可视化、构象比较或后续计算分析。若需复现或扩展该模拟，可参考随机种子 #2、温度 312K、时长 200 ns 以及每 50 ns 提取结构等设定。除这些信息外，源站未提供关于文件组织方式、下载格式、软件操作步骤或分析流程的更多说明。
【质量与限制】
该数据集明确给出了模拟温度 312K（39°C）、模拟时长 200 ns、随机种子 #2 以及每 50 ns 提取一次 PDB 结构等关键参数，这些信息有助于理解数据的生成条件。然而，源站未提供关于力场、水模型、边界条件、模拟软件、重复次数、收敛性评估或结构验证等质量相关信息。因此，使用者在解释构象变化或进行跨数据集比较时，应注意到这些未提供的信息可能带来的限制。此外，该数据仅对应随机种子 #2 的单次模拟设置，源站未说明是否存在其他随机种子或重复实验。
【引用与许可】
该数据集的作者为 Razvan Stan，发布机构为 Harvard Dataverse，发布年份为 2023，来源站为 doi.org。数据集英文名称为“PDB: 4ZQK, PD-1 and its ligand PD-L1 (312K, 39°C, 200 ns): random seed #2”。除上述信息外，源站未提供关于具体引用格式、许可协议、使用条款或版权归属的更多说明。使用者在引用或再利用该数据前，应自行查阅来源站点的相关页面以确认许可与引用要求。
下载信息
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提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://doi.org/10.7910/DVN/I781FJ
标准获取流程：
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- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据集大小约 632.9 MB。
数据说明
Human programmed death-1 (PD-1) in complex with its ligand PD-L1 (312K, 39°C, 200 ns): random seed #2. PDB structures obtained every 50 ns.
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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