DNMT1-核小体复合物结构揭示维持性DNA甲基化及CpG岛调控基础 [RNA-seq]

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源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE338522

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数据说明

DNA甲基化是一种重要的表观遗传机制，对基因组稳定性和基因调控至关重要。在哺乳动物中，DNA甲基转移酶DNMT1在发育过程中维持DNA甲基化图谱方面发挥着关键作用。然而，DNMT1如何与各种染色质环境相互作用以塑造全基因组的DNA甲基化图谱仍不清楚。在此，我们报道了在核小体水平上DNMT1介导的DNA甲基化的结构及其调控机制。DNMT1的两个先前未被充分重视的DNA结合位点簇与核小体发生正交接触，与DNMT1 RFTS结构域和携带双单泛素化组蛋白H3之间的相互作用协同，支撑了DNMT1介导的沿核小体核心颗粒（NCP）近端连接DNA的维持性DNA甲基化。DNMT1 CXXC结构域与未修饰CpG位点的相互作用导致DNMT1在相遇阶段呈现自抑制构象，并在有效甲基化阶段进一步通过变构抑制DNMT1介导的维持性DNA甲基化。

引入一种在CXXC-CpG相互作用中存在缺陷的DNMT1突变，显著增加了CpG岛（CGIs）的DNA甲基化，而未明显影响整体基因组甲基化，这提示了一种依赖于CXXC结构域的调节机制，限制了与脊椎动物基因组相关的CGIs中的DNA甲基化。综上所述，本研究揭示了DNMT1构象动态与染色质环境引导的DNA甲基化之间的相互作用。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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