6 种 I 类 HDAC 复合物快速降解揭示独特、协同与拮抗作用

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源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE330806

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数据说明

1类HDAC中的HDAC1、2和3形成了七个不同的大型多蛋白复合物家族，这些复合物通过去乙酰化组蛋白尾部赖氨酸来调控基因表达。复合物之间及其急性基因靶点之间的冗余程度和功能重叠仍不清楚。我们利用CRISPR/Cas9技术构建了六种细胞系，在这些细胞系中，各个HDAC复合物被标记上FKBP12F36V，从而实现快速（<1小时）、PROTAC介导的降解。6小时后的RNA测序显示，四个主要复合物（CoREST、NuRD、NCoR/SMRT和SIN3A）共同扰动了超过50%的表达基因。其中超过60%的基因是某个复合物特异性的。在受多个复合物调控的基因中，接近50%呈相互调控关系，即HDAC复合物充当拮抗性调控因子。Homer分析强烈提示这些复合物依赖于不同的转录因子。ChIP测序揭示了HDAC复合物在染色质上的广泛且重叠的募集。每个复合物的结合位点数量与受影响基因的数量相对应，超过70%的差异表达基因同时也具有结合的复合物，提示存在直接调控。

这是首个在相同生物系统中识别单个HDAC复合物的急性靶点，并直接比较快速降解对基因调控影响的研究。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。