GSE280060：体内无证据表明G-quadruplex促进近端CTCF结合

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源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE280060

标准获取流程：

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
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     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

G-四链体结构（G4s）和CTCF结合位点是与人基因调控相关的DNA元件，在哺乳动物基因组中经常共定位。Wulfridge等人在《Molecular Cell》上最近的一项研究报告称，在近端G4s存在的情况下，CTCF结合得到促进。在此，我们通过对这些结果进行更全面的重新分析发现，用化学G4稳定剂处理后，CTCF结合的促进在全基因组范围内发生，与附近是否存在G4s或形成G4的基序无关。我们提出了一个替代模型，即长时间使用G4稳定剂会导致CTCF结合位点发生附带DNA损伤——在附近没有G4s的情况下也是如此——进而增加CTCF结合。此外，我们揭示，所报道的基因组编辑实验中CTCF结合的丧失是由读出中的技术性伪影所致。基于这一重新分析，我们得出结论，所报道的体内结果并不支持G4s促进近端CTCF结合这一结论。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。