伯基特淋巴瘤基因组测序项目

CGCI-BLGSP 包含伯基特淋巴瘤患者的基因组、转录组、临床和生物样本数据,适合分子分型和预后分析。由National Cancer Institute提供,来自GDC Data Portal,包含多种数据模态,包含324条数据记录,适用于分类任务,许可证为NIH Genomic Data Sharing Policy。

National Cancer InstituteNational Cancer Institute
GDC Data Portal
浏览 15
多模态分类Burkitt LymphomaMature B-Cell LymphomasHematopoietic and reticuloendothelial syCGCIWGSRNA-SeqmiRNA-SeqTargeted SequencingTissue SlideCopy Number VariationSimple Nucleotide VariationSomatic Structural Variation
CGCI-BLGSP

基本信息

模态
多模态
大小
168229.063700909 GB
数据量
324
任务类型
分类
许可
NIH Genomic Data Sharing Policy
创建/更新时间
2026-09-28

资源简介

伯基特淋巴瘤基因组测序项目

【一句话概览】

CGCI-BLGSP 项目对应 dbGaP 研究编号 phs000235,名称为 Burkitt 淋巴瘤基因组测序项目,疾病类型为成熟 B 细胞淋巴瘤,原发部位为造血和网状内皮系统,隶属于 CGCI 计划,受试者数为 324。该项目包含受控访问数据,需通过 dbGaP 获取访问权限。数据涉及全基因组测序、RNA 测序、miRNA 测序、靶向测序、组织切片,以及拷贝数变异、简单核苷酸变异和体细胞结构变异(来源 portal.gdc.cancer.gov)。

【数据集背景】

本数据集源站标题为《CGCI-BLGSP》。

【数据内容】

源站原始描述:The project has controlled access data which requires dbGaP Access. See instructions for Obtaining Access to Controlled Data. Project ID CGCI-BLGSP dbGaP Study Accession phs000235 Project Name Burkitt Lymphoma Genome Sequencing Project Disease Type Mature B-Cell Lymphomas Primary Site Hematopoietic and reticuloendothelial systems Program CGCI

中文译文(机器翻译,仅供快速理解,请以原文为准):该项目包含受控访问数据,需获得dbGaP访问权限。有关获取受控数据访问权限的说明,请参见相关指南。项目ID CGCI-BLGSP,dbGaP研究编号phs000235,项目名称伯基特淋巴瘤基因组测序项目,疾病类型成熟B细胞淋巴瘤,原发部位造血和网状内皮系统,所属计划CGCI。

【主题与分类】

主题标签:Burkitt Lymphoma、Mature B-Cell Lymphomas、Hematopoietic and reticuloendothelial sy、CGCI、WGS、RNA-Seq、miRNA-Seq、Targeted Sequencing、Tissue Slide、Copy Number Variation。

【适用方向】

多模态数据适合跨模态对齐、融合建模与联合表征学习方向的研究。

【获取与许可】

源站页面:https://portal.gdc.cancer.gov/projects/CGCI-BLGSP

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源站:https://portal.gdc.cancer.gov/projects/CGCI-BLGSP

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  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
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    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

CGCI-BLGSP 包含伯基特淋巴瘤患者的基因组、转录组、临床和生物样本数据,适合分子分型和预后分析。

数据加载示例(表格/文本类)

import pandas as pd, glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.csv"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tsv"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.xlsx"), recursive=True))
print("数据文件:", files)
df = pd.read_csv(files[0])
print(df.shape); print(df.columns.tolist()); print(df.head(3))

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