来曲唑治疗期间人乳腺癌序贯活检转录谱分析
该数据集来自 omicsdi.org，属于肿瘤/乳腺癌领域，主题标签为 Transcriptomics。研究对一组绝经后、患大型可手术或局部晚期乳腺癌的女性，在来曲唑新辅助治疗前及治疗 10-14 天后，对同一肿瘤进行序贯活检，提取 RNA 并做 Affymetrix 微阵列分析
基本信息
资源简介
来曲唑治疗期间人乳腺癌序贯活检转录谱分析
该数据集聚焦于绝经后、患大型可手术或局部晚期乳腺癌的女性群体，围绕来曲唑新辅助治疗过程中同一肿瘤的基因表达变化展开。研究在治疗前以及治疗10至14天后，对同一受试者的肿瘤进行序贯活检，提取RNA并开展Affymetrix微阵列分析，旨在发现受雌激素剥夺影响最显著的基因。数据集英文名称为“Transcription profiling of human sequential breast cancer biopsies during letrozole treatment”，在来源站中归类于肿瘤/乳腺癌领域，主题标签为Transcriptomics。整体而言，该数据集提供了配对活检样本的转录组学检测结果，可用于观察短期内分泌治疗对乳腺癌基因表达谱的早期影响，属于肿瘤转录组学研究范畴。
【数据集背景】
该数据集来源于omicsdi.org，所属领域为肿瘤/乳腺癌，主题标签为Transcriptomics。其研究背景建立在乳腺癌新辅助治疗的应用场景之上。具体而言，研究利用了一组绝经后女性患者接受新辅助治疗的机会，这些患者患有大型可手术或局部晚期乳腺癌，治疗时原发肿瘤仍保留在乳腺内。这种治疗安排使得研究者能够在同一癌症病灶上，于治疗前后分别获取活检组织，从而直接比较同一肿瘤在来曲唑作用前后的转录组变化。来曲唑是一种用于绝经后乳腺癌患者的内分泌治疗药物，研究关注的是雌激素剥夺对肿瘤基因表达的影响。通过序贯活检，研究者试图发现哪些基因的表达最受雌激素剥夺的影响，从而为理解内分泌治疗的早期分子响应提供依据。
【数据内容】
该数据集的核心内容是来自同一受试者配对活检样本的转录组学数据。具体来说，活检在治疗前和治疗10至14天后分别进行，治疗方式为来曲唑2.5 mg/天，口服。从活检组织中提取RNA，并对其进行Affymetrix微阵列分析。分析对象为配对活检数据，即同一受试者治疗前后的样本相互对应。研究目的为发现表达受雌激素剥夺影响最显著的基因。数据集的主题标签为Transcriptomics，表明其属于转录组学范畴。关于样本数量、基因数量、具体表达值、差异表达基因列表等细节，源站未提供。
【采集与来源】
数据采集来自一组绝经后、患大型可手术或局部晚期乳腺癌的女性。这些患者接受来曲唑新辅助治疗，剂量为2.5 mg/天，口服。活检在治疗前和治疗10至14天后进行，且取自同一受试者的同一癌症病灶。RNA从这些活检组织中提取，随后进行Affymetrix微阵列分析。数据来源站为omicsdi.org。关于具体的采集机构、地理区域、时间范围、伦理审批信息等，源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于肿瘤/乳腺癌领域的转录组学研究，尤其是关注内分泌治疗早期分子响应的分析。由于数据来自同一肿瘤治疗前后的配对活检，可用于探索来曲唑治疗10至14天后基因表达的变化，识别受雌激素剥夺影响最显著的基因。主题标签为Transcriptomics，因此适合转录组学层面的数据挖掘、方法验证或与其他乳腺癌转录组数据集的比较研究。此外，该数据集也可用于研究新辅助治疗背景下短期内分泌治疗对肿瘤生物学行为的影响。关于具体的适用分析类型或统计方法，源站未提供。
【使用方法】
该数据集的使用需基于Affymetrix微阵列分析产生的转录组学数据。研究设计为配对活检，即同一受试者治疗前和治疗10至14天后的样本相互对应，因此分析时应考虑配对关系，以比较同一肿瘤在来曲唑治疗前后的基因表达差异。数据可用于发现表达受雌激素剥夺影响最显著的基因。关于数据的具体格式、预处理步骤、归一化方法、分析软件或代码等，源站未提供。
【质量与限制】
该数据集基于Affymetrix微阵列分析，样本来自同一受试者的序贯活检，治疗时间为10至14天，来曲唑剂量为2.5 mg/天，口服。研究目的为发现受雌激素剥夺影响最显著的基因。关于样本量、数据完整性、批次效应、技术重复、验证实验、统计功效等质量相关信息，源站未提供。限制方面，源站未提供具体说明。
【引用与许可】
该数据集的来源站为omicsdi.org。关于引用方式、许可协议、使用条款、数据访问权限等信息，源站未提供。
下载信息
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暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-5462
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
在本研究中，我们利用一组绝经后妇女接受新辅助治疗的机会，这些妇女患有可手术的大肿瘤或局部晚期乳腺癌（治疗时原发肿瘤仍留在乳房内），在来曲唑治疗10-14天前后对同一癌症进行序贯活检。从活检组织中提取的RNA已进行Affymetrix微阵列分析，并对配对活检的数据进行查询，以发现表达受雌激素剥夺影响最大的基因。实验总体设计：从同一受试者在治疗前和口服来曲唑2.5 mg/天治疗10-14天后分别进行活检。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
需要用于商业化训练或医疗器械注册（NMPA/FDA）？
公开数据往往缺乏完整的病理回证与专家标注。千方医数集依托陕川双基地与超十家三甲医院直连，提供完全合规、去标识化、支持注册级质控的专病数据集交易服务。
