人原发乳腺肿瘤转录组分析

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-12276

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

脑转移是癌症最令人担忧的并发症之一，也是成人中最常见的颅内恶性肿瘤。其潜在机制仍不清楚。我们从伴有转移性疾病的乳腺癌患者中分离出能够积极定植于大脑的细胞群体。对这些细胞进行转录组分析，得到了重叠的基因集，其表达与脑转移选择性相关。这些基因中有17个在原发性乳腺肿瘤中的表达与乳腺癌患者的脑复发相关。其中一些基因也与肺转移相关，但与肝、骨或淋巴结转移无关，这为长期观察到的脑与肺转移之间的联系提供了分子基础。在功能上得到验证的脑转移基因中，环氧合酶COX-2、EGFR配体HB-EGF和脑特异性2-6唾液酸转移酶ST6GALNAC5介导癌细胞通过血脑屏障。其他脑转移基因编码炎症因子和脑特异性蛋白水解调节因子，提示乳腺癌定植大脑的多方面程序。

实验总体设计：研究了204例来自乳腺癌患者的原发肿瘤，这些患者具有已知的复发部位，重点比较脑复发与其他部位复发。所鉴定的基因在此队列中进行了验证。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。