探索乳腺癌转移机制研究数据

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-47389

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

器官特异性转移特征如何在原发肿瘤中积累仍不清楚。我们发现原发肿瘤基质在筛选为骨转移做好准备的乳腺癌细胞中发挥作用。乳腺肿瘤中富含成纤维细胞的基质创造了一个微环境，其CXCL12和IGF1细胞因子丰度与骨转移微环境相似。在这种间充质环境中生长的异质性乳腺癌细胞群体向以CXCL12和IGF1为生长优势的克隆占主导的方向演化。成纤维细胞驱动的乳腺肿瘤中骨转移克隆筛选可被CXCL12和IGF1受体抑制所抑制。因此，乳腺肿瘤中富含成纤维细胞的基质可预先筛选骨转移种子，促进转移特征的演化以及原发肿瘤与其远处转移之间的相互作用。使用从47例原发乳腺肿瘤提取的RNA，按照制造商的操作规程对Affymetrix U133 Plus2芯片进行杂交。在该队列中评估了特定基因集。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。