PXD001014:衰老3——蛋白质组学分析揭示Bcl2相关抗凋亡基因3和主要穹窿蛋白通过调控ERK1/2激活在衰老细胞凋亡抵抗中的作用

该数据集来自ebi.ac.uk,属于肿瘤/乳腺癌分类,聚焦于治疗诱导衰老(TIS)中Bag3和MVP对凋亡抵抗的调控。数据涉及衰老细胞的蛋白质组学分析,揭示Bcl2相关athanogene 3和主要穹窿蛋白通过调节ERK1/2激活影响凋亡抗性

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2015-08-21 更新
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时间序列预测Bag3 mvp apoptosis
PXD001014: Senescence 3 -  Proteomic analysis reveals a role for Bcl2-associated athanogene 3 and major vault protein in resistance to apoptosis in senescent cells by regulating ERK1/2 activation

基本信息

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创建/更新时间
2015-08-21

资源简介

PXD001014:衰老3——蛋白质组学分析揭示Bcl2相关抗凋亡基因3和主要穹窿蛋白通过调控ERK1/2激活在衰老细胞凋亡抵抗中的作用

PXD001014 数据集聚焦于治疗诱导衰老(Therapy Induced Senescence,TIS)背景下细胞凋亡抵抗机制的研究。该数据集属于肿瘤/乳腺癌分类,来源于 ebi.ac.uk。其核心内容围绕 Bcl2 相关 athanogene 3(Bag3)和主要穹窿蛋白(Major Vault Protein,MVP)在衰老细胞凋亡抵抗中的作用展开,通过蛋白质组学分析揭示二者通过调节 ERK1/2 激活影响凋亡抗性。数据集主题标签涵盖 Bag3、MVP 与凋亡,并关联乳腺癌疾病本体(DOID:1612)及人类物种(NEWT:9606)。整体而言,该数据集为研究衰老肿瘤细胞的凋亡抵抗机制提供了蛋白质组层面的实验数据支撑。

【数据集背景】

治疗诱导衰老是肿瘤治疗中细胞对某些疗法产生的一种稳定生长停滞状态,但衰老细胞往往表现出对凋亡的抵抗,从而可能导致治疗耐药或疾病复发。该数据集所对应的研究旨在探索这一凋亡抵抗现象的分子基础,特别是 Bcl2 相关 athanogene 3 和主要穹窿蛋白在其中的功能。源站描述指出,Bag3 和 MVP 参与调控治疗诱导衰老中的凋亡抵抗。该数据集被归类于肿瘤/乳腺癌方向,提示其研究背景与乳腺癌细胞或相关模型中的治疗诱导衰老过程密切相关。通过蛋白质组学手段,研究者试图阐明 Bag3 与 MVP 如何影响 ERK1/2 信号通路的激活状态,进而改变衰老细胞对凋亡信号的敏感性。

【数据内容】

该数据集为蛋白质组学分析数据,其核心内容涉及对衰老细胞中蛋白质表达或修饰变化的检测。根据源站描述,数据聚焦于 Bag3 和 MVP 在治疗诱导衰老中对凋亡抵抗的调控作用。主题标签明确包含 Bag3、MVP 和凋亡,并关联乳腺癌(DOID:1612)与人类(NEWT:9606)。数据集名称中提及“Senescence 3”,表明其可能属于一系列衰老相关蛋白质组研究中的第三个数据集。数据内容应涵盖与 ERK1/2 激活相关的蛋白质组学信息,用以揭示 Bag3 和 MVP 如何通过该通路影响凋亡抗性。除上述信息外,关于具体样本数量、蛋白质鉴定数量、定量方法等细节,源站未提供。

【采集与来源】

该数据集来源于 ebi.ac.uk,即欧洲生物信息研究所(European Bioinformatics Institute)下属的公共数据资源平台。源站描述为“Bag3 and MVP regulate apoptosis resistance in Therapy Induced Senescence (TIS)”。数据集英文名称为“PXD001014: Senescence 3 - Proteomic analysis reveals a role for Bcl2-associated athanogene 3 and major vault protein in resistance to apoptosis in senescent cells by regulating ERK1/2 activation”。该名称本身概括了研究的主要发现。关于具体的实验样本来源、细胞系、处理条件、质谱平台、色谱条件等采集细节,源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于研究治疗诱导衰老中凋亡抵抗机制的科研人员,尤其是关注乳腺癌治疗耐药、衰老细胞生物学、蛋白质组学以及 ERK1/2 信号通路的学者。具体应用场景包括:分析 Bag3 和 MVP 在衰老细胞中的表达变化;探究二者对 ERK1/2 激活的调控作用;比较衰老细胞与对照细胞的蛋白质组差异;以及为开发靶向衰老细胞凋亡抵抗的策略提供数据参考。此外,该数据集也可用于生物信息学再分析,例如通路富集分析、蛋白质互作网络构建等,但需注意其分类限定于肿瘤/乳腺癌方向。

【使用方法】

使用者可通过 ebi.ac.uk 平台访问该数据集,具体访问方式、下载链接、文件格式及数据量等信息源站未提供。通常蛋白质组学数据集可能包含原始质谱数据、峰列表、蛋白质鉴定与定量结果等文件,但本数据集的具体文件构成需以源站实际提供为准。使用时应遵循源站的数据使用条款,并参考数据集名称和描述中提及的 Bag3、MVP、ERK1/2 及治疗诱导衰老等关键词进行针对性分析。若需复现研究结论,建议结合源站提供的实验方法描述,但该部分信息源站未提供。

【质量与限制】

该数据集来源于 ebi.ac.uk,属于公共数据库中的蛋白质组学数据,其质量通常受原始实验设计、样本制备、质谱仪器性能及数据分析流程的影响。然而,关于该数据集的具体质量指标,如覆盖率、重复性、假发现率等,源站未提供。限制方面,该数据集分类为肿瘤/乳腺癌,可能仅代表特定细胞模型或特定治疗诱导衰老条件下的结果,外推至其他癌症类型或衰老模型需谨慎。此外,数据集名称中虽提及 ERK1/2 激活,但具体调控机制和因果关系的证据强度需依据原始研究判断,源站未提供详细结论。使用者应结合自身研究目的评估适用性。

【引用与许可】

该数据集的引用方式、许可协议及使用限制等信息源站未提供。使用者应直接访问 ebi.ac.uk 上该数据集的页面,查看其具体的引用要求、数据共享政策及许可条款。在发表基于该数据集的研究成果时,建议按照源站指引进行规范引用。由于源站未提供许可细节,无法在此说明是否允许商业使用或再分发。

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使用方式

数据集获取

源站:https://ebi.ac.uk/pride/archive/projects/PXD001014

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

Bag3 and MVP regulate apoptosis resistance in Therapy Induced Senescence (TIS)

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