PXD001013:衰老2——蛋白质组学分析揭示Bcl2相关athanogene 3和主要穹窿蛋白通过调控ERK1/2激活在衰老细胞凋亡抵抗中的作用

该数据集来自ebi.ac.uk,属于肿瘤/乳腺癌分类,聚焦于治疗诱导衰老(TIS)中Bag3和MVP对凋亡抗性的调控作用

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2015-08-21 更新
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时间序列预测Bag3 mvp apoptosis
PXD001013: Senescence 2 -  Proteomic analysis reveals a role for Bcl2-associated athanogene 3 and major vault protein in resistance to apoptosis in senescent cells by regulating ERK1/2 activation

基本信息

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创建/更新时间
2015-08-21

资源简介

PXD001013:衰老2——蛋白质组学分析揭示Bcl2相关athanogene 3和主要穹窿蛋白通过调控ERK1/2激活在衰老细胞凋亡抵抗中的作用

PXD001013 数据集的全称为“Senescence 2 - Proteomic analysis reveals a role for Bcl2-associated athanogene 3 and major vault protein in resistance to apoptosis in senescent cells by regulating ERK1/2 activation”,来源于 ebi.ac.uk,在本站被归类于肿瘤 / 乳腺癌方向。该数据集围绕治疗诱导衰老(Therapy Induced Senescence,TIS)这一细胞状态展开,核心关注点是 Bag3 与 MVP 两种蛋白如何参与衰老细胞对凋亡的抗性调控。源站描述指出,Bag3 和 MVP 在治疗诱导衰老过程中调节凋亡抗性。数据集的主题标签涵盖 Bag3、MVP 与凋亡等关键词,并关联到乳腺癌(DOID:1612)以及人类(NEWT:9606)等注释信息。整体而言,该数据集属于蛋白质组学分析类资源,用于探索衰老肿瘤细胞耐药与凋亡逃逸的分子机制。

【数据集背景】

该数据集聚焦于治疗诱导衰老(TIS)这一生物学过程。在肿瘤治疗中,部分肿瘤细胞会进入衰老状态,而这类衰老细胞往往表现出对凋亡的抵抗能力,从而可能影响治疗效果。数据集标题明确指出,其研究目的是通过蛋白质组学分析,揭示 Bcl2 相关 athanogene 3(Bag3)与主要穹窿蛋白(MVP)在衰老细胞凋亡抗性中的作用,并涉及 ERK1/2 激活的调控机制。源站描述进一步概括为:Bag3 和 MVP 调节治疗诱导衰老(TIS)中的凋亡抗性。该数据集与乳腺癌这一肿瘤类型相关联,提示其研究背景可能涉及乳腺癌细胞在治疗诱导衰老后的蛋白表达与信号通路变化。

【数据内容】

该数据集属于蛋白质组学分析数据,其内容围绕 Bag3 与 MVP 在衰老细胞凋亡抗性中的功能展开。主题标签包括 Bag3、MVP 与凋亡,并带有乳腺癌(DOID:1612)和人类(NEWT:9606)等受控词汇注释。数据集名称中提及“Proteomic analysis”,表明其核心数据形式为蛋白质组学层面的检测与分析结果。然而,关于具体的样本数量、蛋白鉴定数目、定量指标、实验分组、质谱平台或原始数据文件类型等细节,源站未提供。

【采集与来源】

该数据集的来源站为 ebi.ac.uk,即欧洲生物信息研究所(EBI)相关资源平台。数据集英文名以“PXD001013”为标识,符合蛋白质组学数据常见的登录号格式。源站描述仅说明 Bag3 和 MVP 调节治疗诱导衰老中的凋亡抗性,未提供具体的样本采集方式、细胞系来源、处理条件、实验地点或时间等采集信息。因此,关于样本如何获取、实验如何设计等具体采集细节,源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于研究治疗诱导衰老(TIS)中凋亡抗性机制的科研场景,尤其是关注 Bag3、MVP 以及 ERK1/2 激活通路的蛋白质组学分析。由于数据集与乳腺癌分类相关,也可用于乳腺癌治疗抵抗、衰老细胞生物学以及凋亡信号调控等方向的探索。主题标签中的 Bag3、MVP 和凋亡提示该数据可用于比较衰老细胞与对照细胞在蛋白表达层面的差异,或用于验证 Bag3 与 MVP 在凋亡抗性中的功能角色。但具体适用的分析类型、可支持的统计方法或可重复的分析流程,源站未提供。

【使用方法】

关于该数据集的具体使用方法,源站未提供。未提供的数据包括但不限于:数据下载方式、文件格式说明、分析软件推荐、参数设置、预处理步骤、质控标准以及结果复现流程。因此,无法依据现有信息给出操作层面的使用指导。

【质量与限制】

该数据集的质量评估信息、数据完整性指标、技术重复情况、缺失值处理方式以及潜在偏差等,源站未提供。已知的限制在于:当前信息仅涵盖数据集名称、分类、来源站、简短描述、主题标签及部分受控词汇注释,缺乏对实验设计、样本规模、数据维度与统计效能的详细说明。因此,在未获取源站完整数据说明的情况下,不宜对该数据集的质量与适用范围做出超出已有信息的判断。

【引用与许可】

该数据集的引用方式、许可协议、使用条款以及版权归属等信息,源站未提供。数据集名称中虽包含“PXD001013”这一标识,但未给出对应的文献引用、作者列表或数据使用许可声明。因此,关于如何规范引用该数据集以及使用时的法律与伦理要求,源站未提供。

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使用方式

数据集获取

源站:https://ebi.ac.uk/pride/archive/projects/PXD001013

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

Bag3 and MVP regulate apoptosis resistance in Therapy Induced Senescence (TIS)

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