艾日布林通过改变乳腺癌细胞染色质景观诱导间质-上皮转化以抑制转移进展[scATAC-Seq]

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA856297

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

上皮-间质转化（EMT）是一种发育程序，被肿瘤细胞劫持以助其踏上转移级联之路。已知经历EMT的肿瘤细胞被赋予多种特性，其中包括对化疗的抵抗力增强。尽管人们清楚地了解EMT程序在赋予细胞这些侵袭性特征中所起的作用，但目前尚无专门针对该程序的治疗途径。在此，我们展示，用艾日布林（一种FDA批准用于治疗晚期乳腺癌的药物）处理间质样乳腺癌细胞，会导致间质-上皮转化（MET），伴随转移倾向的丧失以及肿瘤细胞对后续化疗轮次的敏感性增加。我们发现了一种新的替代作用机制，为艾日布林预处理作为一种可行的临床MET诱导机制提供了证据，该机制可遏制转移进展和治疗耐药性的演变。总体设计：对小鼠细胞进行了RNA和细胞核测序。分3批（即Run1、Run2和Run3）获得了八个单细胞/细胞核转录组数据文库。

艾日布林（ERI）和紫杉醇（PAC）药物被视为不同剂量水平的治疗方案。Run1和Run2数据来自单细胞3’ V3测序（scRNA）方案，而Run3为单核RNA+ATAC V1测序（snRNA多组学）方案。Run1、Run2和Run3的FASTQ和计数矩阵分别使用10x Genomics cellranger-3.1.0、10x Genomics cellranger-4.0.0和10x Genomics cellranger-arc-1.0.0生成。单细胞/单核ATAC数据共获得四个文库，分两批即Run1和Run3，分别使用scATAC V1和snATAC（多组学）V1方案。Run1和Run3的FASTQ和峰计数矩阵分别使用10x Genomics cellranger-atac-1.2.0和10x Genomics cellranger-arc-1.0.0生成。所有r均使用Cellranger参考mm10作为参考

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。