PRJNA560404：管腔干细胞决定因子SOX9控制基底样乳腺癌谱系可塑性与进展（Sox9-GFP）

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE135891

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
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数据说明

谱系可塑性在基底样乳腺癌（BLBC）——一种侵袭性癌症亚型——的发生发展中发挥重要作用。尽管研究表明BLBC可能起源于管腔祖细胞，但它获得了大量基底细胞特征，并包含表现出基底、管腔和双潜能表型的异质性细胞集合。管腔祖细胞为何易发生BLBC转化，以及是什么驱动管腔向基底/双潜能重编程，目前仍不清楚。在此我们表明，转录因子SOX9是ER–管腔干/祖细胞（LSPC）的决定因素。SOX9部分通过激活经典和非经典NF-KB信号通路来控制LSPC活性。在BLBC小鼠肿瘤模型中失活p53和Rb会导致SOX9上调，从而在体内驱动管腔向双潜能重编程。SOX9缺失可抑制良性肿瘤性病变向浸润性癌的进展。此外，SOX9在人类BLBC中过表达，并与较短的无复发生存期相关。这些数据表明，ER– LSPC决定因素SOX9作为谱系特异性驱动因子促进BLBC转化。

总体设计：将三只Sox9-GFP；C3(1)/Tag动物的乳腺组织制备成单细胞悬液。从此悬液中，通过FACS分选出Sox9-GFP高表达的管腔细胞和Sox9-GFP低表达的管腔细胞，并从这些细胞群体中分离RNA。随后，利用微阵列技术分析所得RNA的基因表达差异。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。