PRJNA263508：间期condensins调控配体依赖性增强子激活（ChIP-seq）

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA263508

标准获取流程：

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
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数据说明

基因调控的一个新兴主题是结构性染色体分子参与转录控制。凝缩蛋白是有丝分裂染色体的关键调控因子，但其在间期染色质中的定位和功能仍知之甚少。在此，我们报道凝缩蛋白I和凝缩蛋白II复合物在间期乳腺癌细胞中均表现出一种出乎意料的、由17-β-雌二醇诱导的显著优先募集至雌激素受体α（ER-α）结合的活性增强子，并与ER-α表现出不同于经典辅因子的非经典相互作用。凝缩蛋白通过调节增强子相关辅激活因子/辅阻遏因子（包括p300和RIP140）的结合平衡，被证明正向调控配体依赖性基因和eRNA转录。这一活性是通过凝缩蛋白依赖性招募E3泛素连接酶HECTD1至活性增强子来实现的，在该处HECTD1对辅阻遏因子RIP140进行多泛素化并将其清除，从而刺激eRNA转录。

总体而言，我们的结果揭示了间期凝缩蛋白在调节增强子激活中一个重要的、意想不到的转录作用，为增强子在受调控的转录程序中的功能提供了新见解。总体设计：本研究中的ChIP-seq测定了MCF7细胞中凝缩蛋白亚基、雌激素信号的主要转录调控因子ERα、包括H3K27ac在内的组蛋白修饰以及p300等转录共激活因子的结合图谱。每个数据集的详细信息在各文件中标明。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。