乳腺原位癌与浸润性癌进展中的全基因组DNA甲基化谱及其对基因转录和预后的影响

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA257696

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数据说明

乳腺导管原位癌（DCIS）是浸润性乳腺癌（IBC）的前驱病变。DNA甲基化改变被认为是癌症进展的早期事件，可能作为临床决策工具和理解肿瘤发生具有重要价值。使用Illumina HumanMethylation450芯片，对代表癌症进展的285份乳腺组织样本进行了全基因组DNA甲基化谱分析。在包含15份正常样本和40份DCIS样本的独立数据集中，对正常组织与DCIS之间的甲基化变化进行了验证；并在来自The Cancer Genome Atlas的583份乳腺癌样本中，对预后特征进行了验证。利用两个独立的正常乳腺组织和DCIS数据集发现，与正常乳腺组织相比，DCIS的DNA甲基化谱发生了根本性改变，涉及近7000个基因（包括CUL7和ICAM2）。DCIS与IBC之间的变化涉及约1000个基因。在肿瘤中，DNA甲基化与近3000个基因的表达相关（p<0.05，Bonferroni校正），包括负相关和正相关。

一种基于18个CpG位点甲基化水平（代表IRF6、TBX5、ZNF259、KCTD21、EPN3、MACF1和CSNK1G2等基因）的预后特征与浸润性肿瘤乳腺癌患者的生存相关，也与DCIS患者以及DCIS与IBC混合病变患者的生存相关。这项工作表明，表观基因组的变化发生在肿瘤进展的早期，为DNA甲基化为基础的进展标志物在临床中的可能应用提供了证据，并强调了表观遗传改变在癌变中的重要性。总体设计：将来自285个样本的亚硫酸氢盐转化的DNA与Illumina Infinium 450k Human Methylation Beadchip杂交。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。