基本信息

模态

基因组

创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

Pol III 转录组图谱扩展：POLR3A 的 eCLIP 与 ROPE-seq

PRJNA1490101 是一个来自 NCBI BioProject 数据库的生物学项目记录，其英文名称为“Expanding the map of Pol III transcriptome: eCLIP and ROPE-seq of POLR3A”。该记录在本地分类中归入肿瘤 / 乳腺癌方向，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。BioProject 记录的核心作用，是将由单一机构或联盟发起的同一项研究计划所涉及的多类型生物数据汇集在一起，并为用户提供统一入口，以便查找该项目产生的不同数据。该数据集的主题标签为“Other”，其侧写线索中的短描述进一步说明，BioProject 记录汇集了同一计划相关的多种生物数据，为用户提供统一入口以查找该项目产生的不同类型数据。整体来看，该记录本身是一个项目级入口，而非单一实验数据文件。

【数据集背景】

该数据集的英文名称表明其研究主题围绕 Pol III 转录组的图谱扩展，涉及 eCLIP 和 ROPE-seq 两种技术，并针对 POLR3A 展开。源站标题同样指向“Expanding the map of Pol III transcriptome: eCLIP ...”，并标注了 BioProject ID 1490101。本站将其分类为肿瘤 / 乳腺癌，说明该数据集在本地分类体系中被归入这一方向。BioProject 作为 NCBI 提供的项目记录形式，其背景在于将同一项研究计划相关的生物数据集中呈现，使用户不必在多个分散的数据类型之间反复检索，而是通过一个统一入口了解该项目所生成的数据范围。该记录来源于 ncbi.nlm.nih.gov，属于 NCBI 生物项目资源的一部分。

【数据内容】

该数据集的内容以 BioProject 记录的形式呈现，其核心是汇集与同一项研究计划相关的多种生物数据。根据源站描述，BioProject 记录提供用户一个单一位置，用于查找为该项目生成的多样数据类型。该数据集的英文名称中提及 eCLIP 和 ROPE-seq，并指向 POLR3A，说明该项目涉及这些技术或目标，但具体产生了哪些数据文件、数据量、样本数量、分析结果等，源站未提供。主题标签为“Other”，未给出更细分的主题类别。本站分类为肿瘤 / 乳腺癌，但该分类与项目具体内容之间的对应关系，源站未提供。

【采集与来源】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，记录标识为 BioProject ID 1490101。源站描述指出，BioProject 记录来源于单一组织或联盟，用于汇集与单一计划相关的生物数据。该记录本身是 NCBI BioProject 数据库中的一条项目记录，其采集方式、样本采集地点、时间范围、实验条件等具体信息，源站未提供。该数据集在本地被归入肿瘤 / 乳腺癌分类，但该分类的来源依据，源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于需要查找与 Pol III 转录组图谱扩展、eCLIP、ROPE-seq 以及 POLR3A 相关研究项目的用户。由于 BioProject 记录提供统一入口，用户可以通过该记录查找该项目产生的不同类型数据，从而避免在多个独立数据资源之间分散检索。对于关注肿瘤 / 乳腺癌方向的研究者，该数据集在本地分类中属于这一领域，可能作为相关项目检索的入口之一。但具体适用场景、目标用户群体以及推荐用途，源站未提供。

【使用方法】

该数据集的使用方式是通过 NCBI BioProject 记录进行访问。用户可通过 BioProject ID 1490101 在 ncbi.nlm.nih.gov 上定位该记录，并利用其提供的统一入口查找与该项目相关的不同数据类型。源站描述强调，BioProject 记录为用户提供单一位置以查找项目生成的数据。关于具体下载方式、数据格式、访问权限、API 接口或分析流程等，源站未提供。

【质量与限制】

该数据集作为 BioProject 记录，其质量与限制取决于源站 NCBI 的管理与维护。源站描述仅说明 BioProject 是相关生物数据的集合，并提供统一查找入口，未提供该项目的质量控制指标、数据完整性评估、版本信息或已知限制。该数据集的主题标签为“Other”，未给出更具体的主题限定。本站分类为肿瘤 / 乳腺癌，但该分类的准确性、覆盖范围及与项目实际内容的一致性，源站未提供。此外，该记录中涉及的具体数据文件、样本信息、实验细节及分析结果等，源站未提供。

【引用与许可】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，记录标识为 BioProject ID 1490101。关于该数据集的引用格式、许可协议、使用条款、版权归属或数据共享政策，源站未提供。用户如需引用或使用该数据集，应参考 NCBI BioProject 的通用引用与使用规范，但具体到该记录的引用要求与许可条件，源站未提供。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE337525

访问原始数据

下载信息

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需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。

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使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1490101

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

RNA聚合酶III（Pol III）合成对翻译、RNA加工和转录调控至关重要的非编码RNA。其活性与细胞生长和营养可用性相一致，其失调与乳腺癌和脑白质营养不良等疾病有关。在此，我们使用eCLIP和ROPE-seq来鉴定短寿命的Pol III转录本。总体设计：对表达FLAG-eGFP作为对照和POLR3A的HEK293T细胞进行eCLIP seq和ROPE seq。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别