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创建/更新时间

2026-11-03

资源简介

慢性IL-1暴露减弱BCa细胞系IL-1反应并改变基因表达调控且维持治疗敏感性[ChIP-seq]

PRJNA1483727 是 NCBI BioProject 数据库中的一项生物项目记录，其完整英文名称为“Chronic IL-1 exposure attenuates IL-1 response and alters gene expression regulation while maintaining therapeutic sensitivity in BCa cell lines [ChIP-seq]”。从名称可以看出，该数据集聚焦于慢性白介素-1（IL-1）暴露对乳腺癌（BCa）细胞系的影响，研究内容涉及 IL-1 反应减弱、基因表达调控改变，以及在上述变化下细胞仍保持治疗敏感性这一现象。数据集采用 ChIP-seq 技术，属于表观基因组学范畴，本站将其归类为肿瘤 / 乳腺癌方向。该记录汇集了与这一研究计划相关的多种数据类型，为使用者提供了统一的入口来定位和获取该项目产生的数据。

【数据集背景】

该数据集来源于 NCBI BioProject，项目编号为 1483727。BioProject 是围绕某一项研究计划而组织起来的生物数据集合，通常由单一机构或联合体发起，其记录为用户提供统一入口，以便查找该项目所产生的多种类型数据。本项目的研究主题是慢性 IL-1 暴露对乳腺癌细胞系的影响，具体关注慢性暴露后 IL-1 反应的变化、基因表达调控的改变，以及细胞在维持治疗敏感性方面的表现。研究使用 ChIP-seq 方法，因此其数据属于表观基因组学层面，与染色质状态和基因表达调控机制密切相关。

【数据内容】

该数据集的核心内容围绕慢性 IL-1 暴露条件下乳腺癌细胞系的表观基因组学特征展开，采用 ChIP-seq 技术产生数据。项目标题明确指向“IL-1 反应减弱”“基因表达调控改变”以及“维持治疗敏感性”这几个关键现象，因此数据内容应涵盖与这些现象相关的染色质免疫沉淀测序信息。数据集的主题标签为“Epigenomics”，表明其数据属于表观基因组学类型。除上述信息外，关于具体样本数量、测序深度、数据文件格式与大小等细节，源站未提供。

【采集与来源】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，具体记录为 NCBI BioProject 中的 ID 1483727。BioProject 作为一项研究计划的生物数据集合，其记录本身并不直接包含所有原始数据，而是提供链接以指向该项目生成的多种数据类型。因此，该数据集的采集与来源信息应通过 BioProject 记录进一步访问其关联的数据资源。关于样本采集的具体方法、细胞系来源、实验处理条件等，源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于肿瘤学与表观基因组学相关的研究场景，尤其是针对乳腺癌细胞系中慢性炎症因子暴露效应的探索。具体而言，可应用于研究慢性 IL-1 暴露如何影响 IL-1 信号反应、基因表达调控网络以及治疗敏感性的维持机制。由于采用 ChIP-seq 技术，该数据也可用于分析染色质层面的调控变化，例如转录因子结合、组蛋白修饰等表观遗传特征。此外，该数据集可作为乳腺癌基础研究、炎症与肿瘤微环境交互作用研究以及表观遗传药物开发等方向的参考数据。关于更具体的适用场景，源站未提供。

【使用方法】

使用者可通过 NCBI BioProject 数据库，以项目 ID 1483727 或数据集英文名称进行检索，访问该项目的记录页面。BioProject 记录提供统一入口，用户可由此查找并链接到该项目产生的多种数据类型。关于数据下载、格式转换、分析流程等具体使用方法，源站未提供。

【质量与限制】

该数据集来自 NCBI BioProject，属于公共数据库中的项目记录。BioProject 记录本身是对研究计划的描述与链接集合，并不直接代表数据质量或分析结论。关于该数据集的具体质量控制指标、数据完整性、潜在偏差或使用限制，源站未提供。

【引用与许可】

该数据集的引用方式与许可信息，源站未提供。使用者应参考 NCBI BioProject 记录页面以及相关数据提交机构发布的引用指南与使用条款。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE337025

访问原始数据

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使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1483727

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

慢性炎症是乳腺癌肿瘤微环境的一个标志性特征，也已知与疾病进展和治疗反应相关。白细胞介素-1（IL-1）信号传导在乳腺癌生物学中已被广泛研究；然而，持续性IL-1暴露对激素受体阳性乳腺癌细胞的长期效应仍知之甚少。在本研究中，我们探讨了慢性IL-1暴露如何影响ERα+/PR+乳腺癌模型MCF7和T47D中的炎症反应、激素依赖性和治疗敏感性。慢性IL-1暴露减弱了对后续急性IL-1处理的反应，但长期暴露的细胞仍对血清剥夺敏感，保留了对雌激素或孕激素受体信号传导的依赖性，并对内分泌治疗和化疗有强烈反应。基础基因表达和组蛋白修饰的广泛变化表明，慢性IL-1暴露改变了转录重编程和染色质重塑。总之，这些发现表明，慢性IL-1信号传导驱动激素受体阳性MCF7和T47D乳腺癌细胞中的选择性炎症反应。

这项工作凸显了激素受体靶向策略在慢性炎症肿瘤中持续具有治疗意义，并有助于理解持续性炎症应激如何塑造肿瘤行为以及被预测可促进肿瘤进展的基因调控。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别