PRJNA1482496：雌激素受体阳性患者来源异种移植瘤在abemaciclib或对照处理后的Rb DynaTag分析
该数据集来自 NCBI BioProject（ID 1482496），针对雌激素受体阳性患者来源异种移植瘤（PDX），在给予 abemaciclib 或对照处理之后开展 Rb DynaTag 分析
基本信息
资源简介
PRJNA1482496：雌激素受体阳性患者来源异种移植瘤在abemaciclib或对照处理后的Rb DynaTag分析
该数据集为 NCBI BioProject 收录的一项生物研究项目，编号为 1482496，英文名称为“PRJNA1482496: Rb DynaTag profiling of estrogen receptor-positive patient-derived xenograft tumours following treatment with abemaciclib or vehicle control”。从名称与来源信息看，该项目围绕雌激素受体阳性（estrogen receptor-positive）患者来源异种移植瘤（patient-derived xenograft，PDX）模型展开，在给予 abemaciclib 或对照（vehicle control）处理之后，进行 Rb DynaTag 分析。BioProject 作为生物数据的集合记录，将同一研究计划下产生的多种数据类型汇聚于一处，便于用户集中查找和访问。该数据集在本站被归入肿瘤 / 乳腺癌分类，主题标签为 Other，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。
【数据集背景】
该数据集来自 NCBI BioProject，项目编号 1482496。BioProject 是围绕单一研究计划、由单一组织或联合体发起的生物数据集合，其记录为用户提供统一入口，用于发现该项目所生成的不同数据类型。该项目的标题表明其研究背景涉及雌激素受体阳性乳腺癌的体内模型，即患者来源异种移植瘤，并关注 abemaciclib 处理与对照处理之间的比较。Rb DynaTag 分析是该项目的核心技术手段，用于在特定处理条件下对 Rb 相关信号进行 profiling。本站将其归类为肿瘤 / 乳腺癌，主题标签为 Other。
【数据内容】
源站描述仅说明 BioProject 是生物数据的集合，并链接到该项目产生的多种数据类型，未逐一列出具体的数据文件、样本数量、测序深度、分析结果或统计指标。因此，关于该数据集具体包含哪些数据内容，源站未提供。可以确认的是，项目名称指向 Rb DynaTag profiling，研究对象为雌激素受体阳性患者来源异种移植瘤，处理条件包括 abemaciclib 或对照。除这些名称层面的信息外，源站未提供更细的数据内容说明。
【采集与来源】
该数据集来源于 ncbi.nlm.nih.gov 的 BioProject 数据库，项目编号 1482496。源站描述指出，BioProject 记录来自单一组织或联合体，并汇集与单一研究计划相关的生物数据。关于样本采集地点、患者来源信息、PDX 模型建立方法、给药方案、测序平台或实验流程等具体采集与来源细节，源站未提供。
【适用场景】
基于项目名称与分类，该数据集可能适用于与雌激素受体阳性乳腺癌、患者来源异种移植瘤模型、abemaciclib 处理以及 Rb DynaTag 分析相关的研究场景。用户可通过 BioProject 记录查找该项目所链接的不同数据类型。但源站未提供关于具体适用分析、可重复分析流程或预期用途的说明，因此更具体的适用场景源站未提供。
【使用方法】
源站描述表明，BioProject 记录为用户提供单一入口，以查找为该项目生成的不同数据类型。用户可通过 NCBI BioProject 页面访问项目 1482496，并沿链接跳转至相关数据资源。关于数据下载方式、文件格式、分析工具、参数设置或复现步骤，源站未提供。
【质量与限制】
源站未提供关于数据质量、覆盖度、批次效应、样本量、技术重复或验证结果的信息。该数据集在本站的主题标签为 Other，分类为肿瘤 / 乳腺癌，但这些分类信息不构成质量评价。由于源站描述仅为 BioProject 的通用说明，未涉及该项目的具体质量控制指标或局限性，因此质量与限制方面的具体内容源站未提供。
【引用与许可】
源站未提供该数据集的引用格式、许可条款或使用限制。用户如需引用或使用，应访问 NCBI BioProject 项目页面 1482496 查阅相关说明。关于许可与引用的具体信息，源站未提供。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1482496
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
视网膜母细胞瘤蛋白（Rb）是一种肿瘤抑制因子，以抑制E2F转录因子并阻止细胞周期进展而著称。在激素受体阳性（HR+）乳腺癌中，CDK4/6抑制剂通过阻止Rb磷酸化来激活Rb，构成当前内分泌治疗方案的关键组成部分。药理学激活的Rb如何重塑染色质并在细胞周期阻滞之外影响转录，仍知之甚少。在此，我们展示CDK4/6抑制诱导低磷酸化Rb重新分布至启动子和增强子。虽然Rb如预期般结合细胞周期基因启动子以抑制转录，但在其他位点，它通过整合入富含雌激素受体（ER）的转录枢纽，意外地促进雌激素响应基因的表达。CDK4/6抑制以Rb依赖的方式增强乳腺癌细胞、患者来源异种移植瘤以及临床HR+乳腺癌样本中的ER靶基因表达。这种重编程部分由KDM5A介导，其与Rb的相互作用有助于这些位点的基因调控。关键的是，这一Rb驱动的ER转录程序的组成部分具有促增殖作用。
在内分泌敏感的肿瘤中，这可以通过抗雌激素治疗来中和，从而解释了治疗协同作用。在内分泌耐药的情况下，如ESR1突变型乳腺癌，该程序持续存在，限制了治疗效果。这些发现重新定义了Rb，将其视为一种双功能转录调节因子，它在执行细胞周期阻滞的同时，也能激活抵消其抑癌功能的程序。总体设计：PDX KCC-P-3837雌激素受体阳性患者来源的异种移植瘤在NSG小鼠中生长，并在体内分别用abemaciclib或溶媒对照处理4天。处理后收集肿瘤，并立即进行Rb DynaTag染色质分析。每个处理组有两个Rb生物学重复和四个匹配的IgG对照进行了测序。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
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